| |
- Поищем ссылки на публикации о кровотечении из носа (nosebleed) при
гипертонии (hypertension).Введем запрос: nosebleed&hypertension
Все полученные ссылки (134) на одной странице сохранены в файле
query_add1.txt
Примечание: Термин "nosebleed" распознается как "epitaxis" и в целом расшифровка
выглядит так:
(("epistaxis"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "epistaxis"[MeSH Terms]
OR nosebleed[Text Word]) AND ("hypertension"[MeSH Terms] OR hypertension[Text Word])
-
Поищем ссылки на публикации о генетически модифицированной еде
(genetically modified food).этот запрос распознаетс как food, genetically
modified"[MeSH Terms] OR genetically modified food[Text Word]. Результаты поиска в виде
списка аннотаций сохранены в файл
query_add2.txt
-
Найдем информацию о болях зуба мудрости.Согласно он-лайн словарю Lingvo,
зуб мудрости - wisdom tooth, а боль - pain или ache.
Если поискать в MeSH, то окажется, что ache не является медицинским термином,
значит можно ограничится Так и наберем в строке поиска:(wisdom teeth)&pain
Получим 731 ссылоку.
Посмотрим, что получилось в Details:
("third molar"[Text Word] OR "molar, third"[MeSH Terms] OR wisdom teeth[Text Word])
AND ("pain"[MeSH Terms] OR pain[Text Word])
Примечание: английское слово ache не является медицинским термином
В соответствие разговорному "wisdom tooth" ставится термин "third molar".
Найдем определение этого термина согласно MeSH.Для этого в строке поиска
поставим search MeSH for third molar.
Мы найдем определение:
Molar, Third
The aftermost permanent tooth on each side in the maxilla and mandible.
Что значит "крайний постоянный зуб на каждой стороне верхней и нижней челюстей"
- Важной особенностью представления информации в интернете является
наличие активных гипертекстовых ссылок на другие сайты, содержащие
информацию по рассматриваемой проблеме. Следуя им, можно существенно
расширить пространство информационного поиска. Так, например, в поисковой
системе PubMed базы данных MEDLINE есть опция "See Related Articles", которая
позволяет автоматически сформировать подборку публикаций, имеющих отношение
к запросу пользователя и сходных с образом уже найденного конкретного
документа по ключевым словам в названии и реферате статьи, если этот
документ рассматривается пользователем как релевантный. В процессе
выролнения других заданий первого блока возникла проблема: документ UniProt
утверждает, что кофактором белка являются ионы цинка, а PDB-файл и статья,
найденная в MedLine - что это никель. Попробуем найти все статьи, родственные
этой - может, найдется что-то новое? Сначала по запросу "ybey e coli" найдем
уже известную нам статью. Затем перейдем по ссылке "See all related links"
в столбце. Мы увидим массу статей о результатпах кристаллографии различных
металлопротеинов,но их слишком много, чтобы найти нужное. Для того, чтобы
сузить поиск, наберем в строке поиска "nickel" и "прибавим" к нему результаты предыдущего
поиска с помощью закладки "History". Результат сохраним в файле
add3.txt. особенный интерес представляют статьи 4 и 8.
Из поля Abstract этих статей следует, ято есть ферменты, которые в качестве кофактора могут иметь как ионы цинка, так и никеля, причем никель,
в силу своих химических свойств связывается прочнее и может нарушать работу белка.
Тем не менее такое возможно, и никель может быть кофактором белка. Также в одной из статей отмечено,
что если цинк "сидит" на трех гистидинах, то никель требует один или два дополнительных
"стула", в моем случае это молекула воды. Итак,скорее всего, кофактором белка ybeY
могут быть ионы как цинка, так и никеля, но в силу химических свойств ионов
никеля белок с этим металлом лучше кристаллизуется, по этому в эксперименте, описываемом
в статье и PDB-файле указан никель. Но в природных условиях чаще встречается цинк,
по этому он и указан в документе UniProt как металл, характерный для многих
белков, схожих с моим.
Итак, используя закладку "History" и ссылку "See all related links",
можно найти нужную информацию среди статей, близких данных. Например, если есть статья
описывающая какое-либо конкретное исследование белка, можно найти статьи о таком же
исследовании других белков.
|