На страницу 4 семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

GO: описание терминов

  1. Термин — Oxidoreductase activity (оксидоредуктазная активность)
  2. Идентификатор GO:0016491
  3. Количество синонимов — 1 (redox activity)
  4. Определение термина : Катализ окислительно—восстановительной реакции: обратимой химичекой реакции, в которой степень окисления атома (или атомов) внутри молекулы изменяется. Один из субстратов является донором электрона или атома водорода и при этом окисляется, в то время как другой — акцептором электрона или водорода, при этом он востанавливается.
  5. Количество родителей — одна связь is_a
  6. Количество дочерних терминов — ни одного (точнее, дети не отображаются на графе)

Исследование качества аннотации ядерных белков Plasmodium falciparum

    Исследование проводилось с учётом исправлений 06.04.2006.
Количество белков Запрос
Всего 10729 (([uniprot-Organism: Plasmodium] & [uniprot-Organism:falciparum]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 832 ((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:f:*]) & [uniprot-DBxref_:p:*]))
В том числе ядерных 135 "(((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & [uniprot-DBxref_:C:*nucleus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции 0 то же + (TAS.*|IDA.*)!(IMP.)!(IGI.)!(IPI.)!(ISS.)!(IEP.)!(NAS.)!(IEA.)
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции 135 "((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:C:nucleus*] & [uniprot-DBxref_:f:*]) & [uniprot-DBxref_:p:*]) & (((((([uniprot-DBxref_:IMP.*] | [uniprot-DBxref_:IGI.*]) | [uniprot-DBxref_:IPI.*]) | [uniprot-DBxref_:ISS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEP.*]) | [uniprot-DBxref_:NAS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEA.*])) ! ([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*])))
    Как видно из таблицы, функции исследуемой группы белков доказаны плохо.

© Лев Шагам, 2006