ЧЕТВЕРТЫЙ СЕМЕСТР

на главную страницу


:НАВИГАЦИОННОЕ МЕНЮ



ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ЗАДАНИЯ


1. Описание связей между терминами в онтологиях GO

Напоминаю, что я использую UniProt запись P04036 - белка дигидродипиколинат редуктазы (DapB_ecoli)

Находим связи типа "is a" и "part of ":

быстрая ссылка: на базу данных для проверки и возможного корректирования http://www.ebi.ac.uk/ego/

 

рисунок части графа пояснение

is a

данный участок графа показывает нам следующее, переводя на русский: процесс биосинтеза лизина (одна из функций белка) это частный случай процесса биосинтеза аминокислотного семейства аспартатов и процесса метаболизма лизина. Заметим, что вполне естественен факт наличия сразу двух "родителей", но их может быть и больше.

part of

а этот участок графа показывает нам следующее, переводя на русский (на самом деле пример не блестящий - просто связей типа part of ощутимо более удачных я не вижу): нечто внутриклеточное - это тоже часть клетки, внутри клетки есть интрацеллюлярная составляющая, однако часть интрацеллюлярной состовляющей является ее частью, а не частным случаем.

2. Описание функции белка в БД EcoCyc

Данные EcoCyc: http://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=NIL&object=DIHYDROPICRED-MONOMER
  Онтология GO (имя) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
Где? component 1 Цитоплазма
Зачем, для чего? process 1 Биосинтез лизина через диаминопимелат
Молекулярный механизм? function 0 -

На страничке с данными из EcoCyc также присутствует информация такого типа  о белке DapB_ecoli: 
синонимичные названия
подробное описание функций белка
ссылка на ген
длина АК последовательности и ссылка собственно на нее
моллекулярная масса
ссылки на Uniprot, PDB, PFAM, MODBASE и статьи в PubMed 
реакция tetrahydrodipicolinate + NAD(P)+ <=> L-2,3-dihydrodipicolinate + NAD(P)H + H+

3. Исследование качества аннотации группы белков в UniProt

Среди довольно больного количества доказательств есть эеспериментальные и "биоинформатические"

Экспериментальные:
  • IDA (Inferred from Direct Assay) - информация из прямых данных;
  • IEP (Inferred from Expression Pattern) - информация базируется на экспрессии паттерна;
  • IMP (Inferred from Mutant Phenotype) - информация из мутантного фенотипа;
  • IGI (Inferred from Genetic Interaction) - информация исходит из взаимодействия генов;
  • IPI (Inferred from Physical Interaction) - информация из физического взаимодействия.

Биоинформатические
  • IEA (Inferred from Electronic Annotation) - информация из электронной аннотации;
  • IGC (Inferred from Genomic Context) - информация из исследования окружения гена (контекста);
  • ISS (Inferred from Sequence or Structural Similarity) - данные из структурной схожести и последовательностей;
  • RCA (Inferred from Reviewed Computational Analysis) - данные из обзорного компьютерного анализа.


© Бирюков