A- и В- формы ДНК. Структура РНК.


 

Содержание и формат отчета "Исследование структуры тРНК"

  1. Краткое описание структуры в файле 1o0b.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул:
    1. Glutaminyl tRNA
    2. Glutaminyl-tRNA synthetase
    3. Комплекс фермента и РНК выделен из E.Coli.

    Для исследования была выбрана цепь B, представляющая глутаминил тРНК со следующей последовательностью:

    [902] 5' - UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA - 3' [976],

    где 902 и 976 - номера первого и последнего нуклеотида.
    В последовательности на 3'-конце есть триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. Для нее приведены координаты атомов.

  2. Исследование вторичной структуры

    3. С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (Link). В соответствии с полученными данными
    акцепторный стебель состоит из участка 902-907 и комплементарного ему участка 966-971.
    Т-стебель из участка 949-953 и комплементарного 961-965
    D-стебель 910-912 и 923-925 соответственно
    антикодоновый стебель 937-944 и 926-933

    Рис.1. Вторичная структура глутаминил-тРНК из E.Coli Скрипт для получения изображения 
    restrict RNA
background white
colour black
center RNA
wireframe off
backbone 60
select 902-907, 966-971
colour red
select 949-953, 961-965
colour green
select 910-912, 923-925
colour blue
select 937-944, 926-933
colour orange
select 934-936
backbone off 
wireframe 70 
cpk 150 
color cpk

    Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 28 канонических и 8 неканонических пар оснований.

    Пара урацил - урацил.

    а)Вариабельная петля (934-937);
    b)нет остатка тимидина в Т-петле;
    c)нет дигидроуридинов в D-петле ;

  3. Исследование третичной структуры

    4. 1. Всего 27 взаимодействий. Наибольшее перекрывание в 20 позицие.

    Взаимодействие между акцепторным и Т-стеблем на 6 позицие. 2.
    Дополнительные взаимодействия между D и Т стеблями: 915-948 (каноническая) и 913-945 (неканоническая)

  4. Предсказание вторичной структуры тРНК

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1O0B.pdb

Участок структуры Позиции в структуре
(по результатам find_pair) 		Результаты предсказания
с помощью einverted 		Результаты предсказания
по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5' 902-907 3'
5' 966-971 3'
Всего 6 пар		 предсказаны 4 пары из 7 предсказано 9 пар (1 дополнительная)
D-стебель 5' 910-912 3'
5' 923-925 3'
Всего 3 пары		 предсказана 1 пара из 3 предсказаны все 3 пары
T-стебель 5' 949-953 3'
5' 961-965 3'
Всего 5 пар		 не предсказано ни одной пары из 5 предсказаны все 5 пар
Антикодоновый стебель 5' 937-944 3'
5' 926-933 3'
Всего 8 пар		 не предсказано ни одной пары из 8 предсказано 5 пар из 8
Общее число канонических пар нуклеотидов всего 24 канонические пары нуклеотидов предсказано 5 пар всего предсказано 21 пара из 24-х

Анализ данных, полученных при работе mfold


Использовали веб-версию программы.
При P=50 2-й по списку больше остальных напоминал тРНК.
© Nikolay Kondratev