Геномные браузеры.

EnsEMBL.


1) Для поиска мною был выбран самый длинный экзон гена ZNFB7.
2) Его последовательность была введа в соответствующее поле сервиса BLAST/BLAT. Были настроены соответствующие опции для поиска по кодирующей ДНК человека.
3) В выдаче сначала появляется картинка с локализацией в кариотипе. Множество схожих участков, я попытался объяснить тем что это белок, содержащий цинковые пальцы, и в клетке их содержится большое множество.
4) Далее идет информация о выравниваниях. Можно так же дополнительно открывать окна с картинкой выравнивания, информацией о выравниваемых объектах и тп. Наиболее "интересно" просматривается окно ContigView.
ContigView откравет окно с расположением нашего гена в хромосоме и пересечением его с другими генами. Можно уменьшать и увеличивать изображение, а так же выбирать просматриаемый регион. Содержится информация по контигам. Пи поиске "соседей" изучаемого гена, так же используется информация из разных банков.
В Contig view наглядно представлено расположение заданного фрагмента в системе контигов, т.е. с какими генами он соседствует, это экзон или интрон. Стоит сказать, что можно, кликнув на участок схемы, увеличить её масштаб и тем самым с большей подробностью рассмотреть структуру генома. В верху страницы представлена хромосома с выделенным двумя параллельными красными линиями гомологичным фрагментом. Если опустить глаза ниже, под заголовком Region in detail можно увидеть более подробную структуру хромосомы (а именно, какие контиги известны), сама хромосома обозначена лентой с перемеживающимися синими и голубыми участками - разными контигами. Под этой лентой-хромосомой размещены ID генов из Ensembl/Havana в точности там, где и лежат сами гены.
Поиск по названию выдал 15 генов.
5)UCSC показывает информацию по разным животным (включая слона и мышь).
6)NCBI содержит информацию схожую с ансамблем.
7)Vega более "приятная глазу" и при этом содержит схожую информацию с первым браузером.


© Nikolay Kondratev