A- и В- формы ДНК. Структура РНК.


 

Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса белка, содержащего цинковые пальцы Zif268 и DNA

  1. Краткое описание структуры в файле 1P47.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул
    1. Молекула ДНК цепи C,D
    2. Белок, ответственный за ранний рост. Цепи A,B.
    3. Комплекс получен из мыши, система экспрессии - кишечная палочка. Для изучения выбраны обе цепи ДНК и цепь белка А. 

    цепь C [1] 5' - GTGGCGTGGGCGGCGTGGGCGT - 3' [22] 
                 |||||||||||||||||||||  
цепь D [22] 3' - ACCGCACCCGCCGCACCCGCAC - 5' [1],

    где 1 и 22 - номера первого и последнего нуклеотида.

  2. Функции белка, структура которого представлена в файле 1P47.pdb

    3. Принадлежит к группе белков содержащих цинковые пальцы.

  3. Исследование структуры ДНК

    4. С помощью результатов программ find_pair и analyze можно предположить, что это В форма ДНК. Excel Стерические изменения есть во всей молекуле, но наибольшие отклонения скорее всего являются местами контакта с белком.

  4. Исследование природы ДНК-белковых контактов

    5. 1) Скрипт my_dna.def
    2)
    Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
          остатками 2'-дезоксирибозы 2 19 21
          остатками фосфорной кислоты 17 21 38
          остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 28 36 64
          остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 1 1

    3) Неполярных контактов больше, чем полярных и больше всего контактов ДНК с белком в области большой бороздки.

  5. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

    6. Использованная команда: nucplot 1P47_old.pdb


    Получилось больше контактов с дезоксирибозой, чем ожидалось. Скорее всего это связано с методами использованными в ходе анализа.

  6. Возможный распознающий контакт

    7. Возможно образование водородной связи между атомом кислорода О6 гуанина и атомом водорода при аминогруппе аргинина ARG124.

  7. Характеристика ДНК-связывающего домена EGR1_MOUSE



    8. C2H2-zf - двойной цинковый палец. Название - сокращение четырех лигандов цинка: двух остатков гистидина и двух остатков цистеина. Наиболее часто встречающийся ДНК-связывающий домен.

© Nikolay Kondratev