Классификация функций. Коды ферментов

  1. Расшифровка кода фермента EC 2.7.2.3

  2. Цифры кода Расшифровка на английском языке Расшифровка на русском языке
    EC 2 Transferases are enzymes transferring a group, for example, the methyl group or a glycosyl group, from one compound (generally regarded as donor) to another compound (generally regarded as acceptor). The classification is based on the scheme 'donor:acceptor grouptransferase'. The Accepted names are normally formed as 'acceptor grouptransferase' or 'donor grouptransferase'. In many cases, the donor is a cofactor (coenzyme), carrying the group to be transferred. Трансферазы - это ферменты, осуществляющие перенос группы, например метильной или гликозильной, от одного соединения (донора) к другому (акцептору). Классификация основана на схеме 'донор:цептор трансферазная группа'. Принятые имена обычно образуются как 'акцептор трансферазной группы' или 'донор трансферазной группы'. Во многих случаях донор представляет собой кофактор (коэнзим), осуществляющий перенос группы.
    EC 2.7 Transferring phosphorus-containing groups: This is a rather large group of enzymes comprising not only those transferring phosphate but also diphosphate, nucleotidyl residues and others. The most numerous section, that of phosphotransferases, is subdivided according to the acceptor group. Перенос фосфосорержащих групп: Это довольно обширная группа ферментов, включающая в себя не только ферменты, осуществляющие перенос фосфата, но также дифосфата, нуклеотидных остатков, и других групп. Ферменты данной группы разделяются по типу акцепторной группы.
    EC 2.7.2 Phosphotransferases with a carboxy group as acceptor Фосфотрансферазы с карбоксильной группой в качестве акцептора
    EC 2.7.2.3 Phosphoglycerate kinase
    A group of enzymes, that catalyzes the second step in the second phase of glycolysis, the reversible conversion of 1,3-diphospho-glycerate to 3-phosphoglycerate with generation of one molecule of ATP.
    Фосфоглицератные киназы
    Группа ферментов, катализирующая второй этап во второй фазе гликолиза, и осуществляющая обратимое превращение 1,3-дифосфоглицерата в 3-фосфоглицерат с образованием одной молекулы АТФ.

  3. Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов
  4. C помощью SRS в базе UniProt был осуществлён поиск фермента с кодом 2.7.2.3 в бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. Для этого был введён запрос со следующими параметрами:
    All text - EC=2.7.1.2;
    Organism name - Human | Escherichia | Methanococcus
    В результате было найдено 52 фермента. Путём просмотра выдачи были отфильтрованы искомые белки. В результате было установлено следующее: для Escherichia coli K-12 был найден 1 фермент, для Methanococcus jannaschii - 1, и для Homo sapiens - 6.
    Результаты исследования представлены ниже в виде таблицы:

        Фермент 1 (Homo sapiens, AC A8K4W6) Фермент 2 (Escherichia coli (strain K12), AC P0A799) Фермент 3 (Methanococcus jannaschii, AC Q58058)
      Идентификатор, название домена Pfam
    Положение в последовательности
    Положение в последовательности
    Положение в последовательности
    Домен
    PGK
    Не найден в PFam
    2-381
    1-407

    Вывод: найденные белки гомологичны, так как содержат один и тот же домен - PGK.

Четвёртый семестр


Черниогло Елена