Пакет BLAST (продолжение)
Работа с программой getorf пакета EMBOSS
Был создан файл d89965.entret с записью D89965 банка EMBL.
Далее была использована программа getorf
для получения набора трансляций всех открытых рамок последовательности с записью D89965
при следующих условиях:
1.Длина более 30 нуклеотидов
2.Открытой рамкой считать последовательность триплетов,
начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном
3.Использование бактериального кода
При учёте всех условий программе была введена команда:
getorf -table 11 -minsize 31 -find 1 -sequence d89965.entret
В результате программой был выдан файл d89965.orf с искомой информацией
Из найденных открытых рамок приведённой в записи CDS соответствует пятая рамка, 13 рамка - приведенной в Swiss-Prot .
Третий семестр
©Черниогло Елена