Поисковые системы

Обязательные задания:

1.Мной была просмотрена информация о моём белке в банке SwissProt с помощью различных систем. С моей точки зрения, наилучшее оформление страниц в системах SRS и MRS. Что же касается представленной информации, то во всех системах она примерно одинакова, однако же имеются некоторые различия. В пример можно привести информацию, представленную в поле FT. В поисковой системе SRS она является наиболее полной. Особенно помогает пониманию наличие диаграммы, которая очень наглядно отображает особенности исследуемой последовательности. Несколько меньше меня удовлетворили результаты, предоставленные Expasy, так как диаграммы, представлены там, менее наглядны. Однако же преимуществом данной системы является отображение на отдельной странице наряду с выбранной особенностью последовательности также и самой последовательности в её однобуквенном и трёхбуквенном варианте, что очень удобно. Менее же всего мне понравилось работать с MRS, где, с моей точки зрения, представлено недостаточное количество информации.

2а) В SRS мной была найдена страница с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt. При вводе gam* на этой странице были выведены следующие названия таксонов:

• gambusia

• gammaherpesvirinae

• gammapapillomavirus

• gammaproteobacteria

• gammaretrovirus

• gammaridea

б)Английским эквивалентом таксона "гамма-протеобактерии" является название gammaproteobacteria.

в)В банке SwissProt имеется 69659 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий.

3.

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
tRNA methyltransferase	((([swissprot-Description:tRNA*] & [swissprot-Description: methyltransferase*]) | [swissprot-Description:tRNA methyltransferase*]) & [swissprot-Organism:gammaproteobacteria*])	324
methyltransferase	([swissprot-Description:methyltransferase*] & [swissprot-Organism: gammaproteobacteria*])	1296
M1G methyltransferase	((([swissprot-Description:M1G*] & [swissprot-Description:methyltransferase*]) | [swissprot-Description:M1G methyltransferase*]) & [swissprot-Organism:gammaproteobacteria*])	112

4.Из предыдущего задания мной был выбран следующий вариант запроса: ((([swissprot-Description:M1G*] & [swissprot-Description:methyltransferase*]) | [swissprot-Description:M1G methyltransferase*]) & [swissprot-Organism:gammaproteobacteria*]). Все 112 найденные записи были сохранены в формате fasta в файле sequence.fasta.

Дополнительные задания:

1.В результате ввода запроса ((([medline-AllText:M1G*] & [medline-AllText: methyltransferase*]) | [medline-AllText:M1G methyltransferase*]) & ((([medline-Year#2005:2005]

| [medline-Year#2006:2006]) | [medline-Year#2007:2007]) | [medline-Year#2008:2008])) в банке MEDLINE было найдено 2 записи, в которых упоминается белок M1G methyltransferase.

2.При вводе запроса ([medline-Authors:ne?fakh,a.a.*] & [medline-Year#1970:1979]) в MEDLINE были найдены 18 ссылок на статьи, опубликованные А.А.Нейфахом в 1970-е годы.

Судя по найденной информации Нейфах А.А. занимался генетикой развития, в пользу чего говорят найденные записи.