Занятие 4

Генерация молекул

Нафтален - сразу генерируется плоским, азулен - искривляется (семичленное кольцо искривляется) в MMFF94, MMMFF94s немного.
В поле UFF, вообще-то, раньше давал нормальную плоскую структуру, но когда я стал переделывать для отчета файлы - стал выдавать сходимость метода наискорейшего спуска за 1 шаг и искривлять по-страшному структуру. Помогло поле GAFF - в нем молекула стала плоская.

Азулен


Нафтален

Расчет энергии изомеризации

Азулен-HF
Азулен-DFT
Нафтален-HF
Нафтален-DFT

Метод	E(Nap)	E(Azu)	E2-E1	E2-E1, kCal/mol
HF	-383.3549297881	-383.2824487710	0.0724810171	45.48
DFT	-385.6401629708	-385.5856364312	0.0545265396	34.22

Из эксперимента известно, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol.
Таким образом, DFT понадобилось больше времени, чем HF, зато он дал верный резльтат.