Занятие 11
Замечание
Нет никакого смысла добавлять папку /home/preps/golovin/progs/bin в $PATH, потому что в /usr/local/bin/ лежит другой prepare_receptor4.py, нерабочий; но именно он запускается при вводе в консоль просто "prepare_receptor4.py", потому что usr/local/bin идет раньше /home/preps/golovin/progs/bin внутри переменной $PATH. Та же ерунда с prepare_ligand4.Подготовка файлов
ЛигандБелок
Командой pseudoatom tmp2, /prot///NAG получаем псевдоатом с координатами ЦМ NAG: 42.446 45.024 30.024.
Результаты первого докинга
Log-файл, PDB белка, PDB докированного лиганда.Три лучших результата:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -6.1 0.000 0.000
2 -5.4 2.860 4.373
3 -5.2 6.191 7.892
Все 3 полученных состояния связываются в соответствующем кармане; состояние номер 1 - похоже, правильно отображает связывание мономера.
Результат гомологичного моделирования
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
Результаты для докинга с подвижными а.о. АЦ
Log-файл, PDB белка, PDB докированного лиганда.mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -5.6 0.000 0.000
2 -5.6 2.051 2.885
3 -5.5 2.032 4.551
Удивительно, но докинг с подвижными остатками проработал дольше (перебирая варианты расположения подвижных остатков), но результат дал хуже, чем обычный докинг. Видимо, с увеличением числа состояний системы, vina не смогла найти подходящий минимум энергии за установленное время.
Результат подвижного докинга 3
Результат подвижного докинга 2
Результат подвижного докинга 1
Результаты подвижного №№ 1 и 3 отличаются положением пары остатков и небольшим смещением NAG и соответствуют результату обычного № 3; результат подвижного №№ 2 соответствуют результату обычного № 2.
Докинги модифицированного NAG
Модифицированные лиганды были созданы с использованием знания о SMILES.NAG-H, NAG-OH, NAG-NH2, NAG-Ph.
Докинг:
NAG-H:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -5.0 0.000 0.000
2 -5.0 1.821 2.957
3 -5.0 1.982 4.452
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
NAG-OH:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -5.5 0.000 0.000
2 -5.4 2.332 4.737
3 -5.4 2.281 3.971
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
NAG-NH2:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -5.5 0.000 0.000
2 -5.5 3.972 6.391
3 -5.4 2.608 4.271
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
NAG-Ph:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.1 0.000 0.000
2 -7.1 1.688 1.993
3 -6.7 1.706 3.313
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
Гибкий докинг:
NAG-OH:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -5.7 0.000 0.000
2 -5.4 1.451 4.116
3 -5.4 1.920 3.963
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
NAG-NH2:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -6.0 0.000 0.000
2 -5.8 5.468 7.542
3 -5.7 1.510 3.797
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
NAG-Ph:
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.4 0.000 0.000
2 -7.1 2.734 5.725
3 -7.0 1.952 2.503
Результат докинга 3
Результат докинга 2
Результат докинга 1
Анализ результатов для разных лигандов
Все докинги, кроме № 2 для NAG-NH2, попали в нужный карман (указанное исключение - вне кармана). Энергия докинга с подвижными остатками в целом практически не изменилась, по сравнению с неподвижными.Докинг для NAG-Ph дал значительно лучшую энергию, по сравнению с остальными, т.к. остаток Ph входит в стэкинг с остатками TRP141 или TRP142.
В принципе, для всех лигандов, кроме NAG-H, найдены варианты структуры, в которых лиганд входит в АЦ.
В общем, докинг показал хорошие результаты - лиганд попал в карман почти всегда; но внутри кармана - ориентация лиганда оказалась смоделирована по различному, даже для 1 и того же лиганда.