Занятие 10
Выравнивание и установление гомологичных остатков
ВыравниваниеМодифицированный файл со структурой
Контакты, которые образует белок 1lmp с лигандом были определены с помощью PyMol:
- select connections, (1lmp and symbol n) within 3.5 of (ligand and symbol o)
- select connections, (1lmp and symbol o) within 3.5 of (ligand and symbol n)
В исходной структуре: /1lmp//A/ASN`46/ND2 /ligand//A/NDG`130/O1C /1lmp//A/ASN`59/N /ligand//A/NAG`130/O7B /1lmp//A/TRP`63/NE1 /ligand//A/NAG`130/O3B /1lmp//A/TRP`63/NE1 /ligand//A/NAG`130/O7B /1lmp//A/ASN`103/ND2 /ligand//A/NAG`130/O7A /1lmp//A/ALA`107/O /ligand//A/NAG`130/N2B /1lmp//A/VAL`109/N /ligand//A/NDG`130/O6C Будут контакты в новой: /seq//A/LYS`61/NZ /ligand//A/NDG`178/O1C /seq//A/ASN`92/N /ligand//A/NAG`178/O7B /seq//A/PRO`96/NE1 /ligand//A/NAG`178/O3B /seq//A/PRO`96/NE1 /ligand//A/NAG`178/O7B /seq//A/GLY`146/ND2 /ligand//A/NAG`178/O7A /seq//A/CYS`150/O /ligand//A/NAG`178/N2B /seq//A/ILE`152/N /ligand//A/NDG`178/O6CСкрипт
Файлы с результатами: 1, 2, 3, 4, 5.
Анализ
Полученные структуры не сильно отличаются. Основные отличия заключены в 3 петлях (отмечены на рисунке), которые не имеют однозначной структуры, поскольку принадлежат фрагментам последовательности, которая отсутствует в структуре 1lmp.
Результаты сравнения 2 утилитами сервиса WhatIf:
I. Ramachandran plot evaluation. The score expressing how well the backbone conformations of all residues correspond to the known allowed areas in the Ramachandran plot is a bit low. 1) Ramachandran Z-score : -3.218 2) Ramachandran Z-score : -2.757 3) Ramachandran Z-score : -3.421 4) Ramachandran Z-score : -2.242 5) Ramachandran Z-score : -3.572 II. Omega angles The omega angles for trans-peptide bonds in a structure is expected to give a gaussian distribution with the average around +178 degrees, and a standard deviation around 5.5. In the current structure the standard deviation agrees with this expectation. 1) Omega average and std. deviation = 180.602 5.349 2) Omega average and std. deviation = 181.072 5.722 3) Omega average and std. deviation = 181.546 5.626 4) Omega average and std. deviation = 180.931 5.485 5) Omega average and std. deviation = 181.023 6.541Как видим, все структуры по Z-score карты Рамачандрана - "на троечку". Возьмем четвертую, как структуру с наилучшим Z-score:
