Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive
bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step.

Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those
outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and
inter-strand overlap is designated according to the following diagram:

                    i2  3'      5' j2
                       /|\      |
                        |       |
               Strand I |       | II
                        |       |
                        |       |
                        |      \|/
                    i1  5'      3' j1

     step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
   1 PU/AA  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.74( 2.50)  2.74( 2.50)
   2 UC/GA  0.12( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.08( 2.87)  4.20( 2.87)
   3 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.51( 0.00)  3.94( 2.54)  4.44( 2.54)
   4 CU/GG  2.28( 0.61)  0.00( 0.00)  0.05( 0.00)  4.64( 3.14)  6.97( 3.76)
   5 UC/GG  0.38( 0.00)  0.00( 0.00)  0.23( 0.00)  1.84( 0.57)  2.46( 0.57)
   6 CG/CG  0.20( 0.00)  0.00( 0.00)  4.02( 1.35)  0.26( 0.00)  4.48( 1.35)
   7 Gc/GC  5.97( 1.41)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.08( 4.30) 13.05( 5.71)
   8 cC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.97( 0.00)  2.98( 1.45)  3.95( 1.45)
   9 CA/UG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.10( 1.07)  0.49( 0.06)  3.58( 1.13)
  10 AG/CU  5.03( 2.85)  0.00( 0.00)  0.03( 0.00)  0.08( 0.00)  5.13( 2.85)
  11 GG/CC  3.98( 2.42)  0.00( 0.00)  0.81( 0.00)  0.00( 0.00)  4.79( 2.42)
  12 Gu/aC  7.08( 1.99)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.95( 1.78) 12.03( 3.77)
  13 uP/Ga  5.41( 1.91)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.84( 2.58) 13.25( 4.49)
  14 PC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  15 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.99( 0.00)  3.13( 1.59)  4.13( 1.59)
  16 CA/UG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.98( 1.80)  0.05( 0.00)  4.03( 1.80)
  17 AG/CU  1.98( 1.88)  0.00( 0.00)  0.83( 0.00)  0.00( 0.00)  2.81( 1.88)
  18 GA/PC  3.12( 1.62)  0.00( 0.00)  0.08( 0.01)  0.00( 0.00)  3.20( 1.63)
  19 AA/gP  3.79( 2.38)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.93( 1.35)  7.72( 3.74)
  20 Ag/Cg  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.23( 0.05)  0.28( 0.08)  1.52( 0.13)
  21 gC/GC  3.31( 1.06)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.48( 2.49)  8.79( 3.55)
  22 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.92( 0.00)  3.51( 1.97)  4.42( 1.97)
  23 CC/CG  2.84( 1.12)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.73( 0.88)  4.58( 2.00)
  24 CA/UC  0.00( 0.00)  2.49( 0.10)  4.49( 3.16)  0.00( 0.00)  6.98( 3.26)
  25 AA/UU  6.31( 4.27)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.31( 4.27)
  26 AG/CU  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)