Моделирование структур биополимеров

• Знакомство с PyMol
• Работа с PyMol
• Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
• Abinitio вычисления для нафталина и азулена
• Вычисление параметров для молекулярной механики
• Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
• Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
• Моделирование самосборки липидного бислоя
• Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
• Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
• Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка
• Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP