SRS

на главную

Поисковые системы


1. При сравнении поисковых систем я обнаружила, что наибольшую степень сходства имеют две: MRS, SRS. Но отличия присутствуют в поле особенностей (FT): в MRS- это список особенностей с указанием длины аминокислотной последовательности, соответствующей этим свойствам. При наведении курсора на строку с особенностью соответствующие аминокислоты подчеркиваютя в поле (Sequence information), так можно увидеть их расположение в цепи (эта деталь мне очень понравилась…удобно). В SRS еще кроме списка показано расположение участков аминокислот в цвете. Но больше всего мне понравилось представление информации в UniProt: другая последовательность полей, в особенностях представлен как список, так и показано расположение аминокислот в последовательности, указаны участки (спираль, тяж, поворот) вторичной структуры белка.


2.В SRS с помощью описания поля Taxonomy банка SwissProt я нашла:
  • Названия таксонов, начинающихся на gam:
        gambusia, gammaherpesvirinae, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea.
  • Gammaproteobacteria – английский эквивалент гамма-протеобактерии.
  • В банке SwissProt 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерии.

    3. Запросы к банку SwissProt белков гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией белка RBSB_ECOLI

    Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
    D-ribose-binding periplasmic protein ((((([swissprot-Description:D-ribose*] & [swissprot-Description:-binding*]) & [swissprot-Description:periplasmic*]) & [swissprot-Description:protein*])| [swissprot-Description:D-ribose-binding periplasmic protein*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) 4
    periplasmic protein ((([swissprot-Description:periplasmic*] & [swissprot-Description:protein*])| [swissprot-Description:periplasmic protein*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) 136
    "D-ribose-binding periplasmic protein" ([swissprot-Description:D-ribose-binding periplasmic protein*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) 4
    Precursor ([swissprot-Description:Precursor*] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) 4178

    4. Вариант запроса ((((([swissprot-Description:D-ribose*] & [swissprot-Description:-binding*]) & [swissprot-Description:periplasmic*]) & [swissprot-Description:protein*])| [swissprot-Description:D-ribose-binding periplasmic protein*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) я сохранила в fasta формате (4 записи)

    >sp|P02925|RBSB_ECOLI D-ribose-binding periplasmic protein;
MNMKKLATLVSAVALSATVSANAMAKDTIALVVSTLNNPFFVSLKDGAQKEADKLGYNLV
VLDSQNNPAKELANVQDLTVRGTKILLINPTDSDAVGNAVKMANQANIPVITLDRQATKG
EVVSHIASDNVLGGKIAGDYIAKKAGEGAKVIELQGIAGTSAARERGEGFQQAVAAHKFN
VLASQPADFDRIKGLNVMQNLLTAHPDVQAVFAQNDEMALGALRALQTAGKSDVMVVGFD
GTPDGEKAVNDGKLAATIAQLPDQIGAKGVETADKVLKGEKVQAKYPVDLKLVVKQ
>sp|P44737|RBSB_HAEIN D-ribose-binding periplasmic protein;
MKKLTALTSAVLLGLAVSSSASAQDTIALAVSTLDNPFFVTLKDGAQKKADELGYKLVVL
DSQNDPAKELANIEDLTVRGAKILLINPTASEAVGNAVAIANRKHIPVITLDRGAAKGNV
VSHIASDNIAGGKMAGDFIAQKLGDNAKVIQLEGIAGTSAARERGEGFKQAIDAHKFNVL
ASQPADFDRTKGLNVTENLLASKGDVQAIFAQNDEMALGALRAVKAANKKVLIVGFDGTD
DGVKAVKSGKMAATIAQQPELIGSLGVVTADKILKGEKVEAKIPVDLKVISE
>sp|P0A2C6|RBSB_SALTI D-ribose-binding periplasmic protein;
MNMKKLATLVSAVALSATVSANAMAKDTIALVISTLNNPFFVSLKDGAQKEADKLGYNLV
VLDSQNNPAKELANVQDLTVRGTKILLINPTDSDAVGNAVKMANQAKIPVITLDRQATKG
DVVSHIASDNVLGGKIAGDYIAKKAGEGAKVIELQGIAGTSAARERGEGFQQAVAAHKFN
VLASQPADFDRTKGLNVMQNLLTAHPDVQAVFAQNDEMALGALRALQTAGKADVMVVGFD
GTPDGEKAVKDGKLAATIAQLPDQIGAKGVEVADKVLKGEKVQAKYPVDLKLVIKQ
>sp|P0A2C5|RBSB_SALTY D-ribose-binding periplasmic protein;
MNMKKLATLVSAVALSATVSANAMAKDTIALVISTLNNPFFVSLKDGAQKEADKLGYNLV
VLDSQNNPAKELANVQDLTVRGTKILLINPTDSDAVGNAVKMANQAKIPVITLDRQATKG
DVVSHIASDNVLGGKIAGDYIAKKAGEGAKVIELQGIAGTSAARERGEGFQQAVAAHKFN
VLASQPADFDRTKGLNVMQNLLTAHPDVQAVFAQNDEMALGALRALQTAGKADVMVVGFD
GTPDGEKAVKDGKLAATIAQLPDQIGAKGVEVADKVLKGEKVQAKYPVDLKLVIKQ

    Дополнительное задание:
    1.Я не нашла статьи последних двух-трех лет, в аннотациях которых упоминается мой белок, поэтому в банке MEDLINE в поле Abstract я ввела D-ribose-binding periplasmic protein. Было найдено всего две статьи за 1982 и 2002 года.

    2. Чтобы найти статьи, опубликованные в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах, я ввела в поле "Authors" имя человека Ne*fa*h,a.a. (я ставила звездочки, т.к не знала, как правильно пишется его фамилия). Получив список фамилий оказалось, что все они отличаются третьей буквой. Тогда я в поле "Authors" ввела Ne*fakh,a.a., а в поле "Year" 1970:1979.

    Получила следующий запрос: ([medline-Year#1970:1979] & [medline-Authors:Ne*fakh,a.a*]).
    Количество статей ,опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах: 27
    Статьи в основном посвящены митозу, генетике организмов в период эмбрионального развития
    ©Старовойтова Анна,2008