Linux

на главную

Работа в командной строке Linux

1)Смена активной директории и просмотр содержимого директорий

команда "ls" отображает содержание текущей директории

команда "ls .." выходит из текущей и отображает содержание предыдущей директории

команды "cd ..", а потом "ls"- выход из поддиректории (отображение родительской директории)

повторяя команду из предыдущего пункта, на второй раз получаем отображение пред-предыдущей директории

команда "pwd" показывает путь к активной директории от корневой

команда "more <имя файла>"- просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter")

чтобы сделать активной мою директорию, я выполнила команды: cd Term2; cd Practice5 . Содержание директории просмотрела с помощью команды "ls"

2)Создание и просмотр файлов

Выполнив последовательно команды,

    seqret sw:p02925 -auto

ls

    more ls

я получила содержимое PDB-файла с последоательностью белка RBSB_ECOLI с помощью программы пакета EMBOSS seqret

Выполнив последовательно команды,

    entret sw:p02925 -auto

ls

    more rbsb_ecoli.entret

получила содержание документа о белке из UniProt с помощью программы пакета EMBOSS entret. Нажимая несколько раз клавишу , затем клавишу "пробел", я увидела на экране полный текст документа.

3)Некоторые способы облегчения работы в командной строке

Нажимая клавиши "стрелка верх" и "стрелка вниз", я возвращалась к командной строке, которая шла перед или после текущей строки

Команда "history" выводит содержание всех введенных мною команд

Набирая в командной строке "more" , затем после пробела — первую букву имени файла, затем нажмая клавишу , я получала в командной строке полное имя этого файла

Построить и сравнить оптимальные глобальное и оптимальное локальное выравнивание 2-х последовательностей

1)Построить полное (глобальное) оптимальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS

Пользуясь программой seqret, я создала файл с поледовательностью белка ALSB_ECOLI, родственного моему RBSB_ECOLI
Построение полного оптимального выравнивания двух белков — моего(RBSB_ECOLI) и родственного(ALSB_ECOLI) с помощью программы needle

needle rbsb.fasta alsb.fasta rbsb_alsb.needle -auto	a)Создался файл rbsb_alsb.needle с глобальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были отражены штрафы за гэп(за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5)
needle rbsb.fasta alsb.fasta aa.needle	b)Создался файл rbsb_alsb.needle с глобальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были штрафы за гэп были утроены, т.к. удвоение не давало никаких различий с глобальным выравниванием (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5) (самостоятельный ввод размеров штрафов) изменения
needle rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta rbsb_alsb__ecoli_needle.msf -aformat msf	c)Создался файл rbsb_alsb__ecoli_needle.msf в формате, пригодном для импорта в GeneDoc, с глобальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta

Ссылки на выравнивание:
a) Глобальное выравнивание с определением штрафа на гэп
b) Глобальное выравнивание с утроенным штрафом за гэп
c) Картинка из GenDoc с глобальным выравниванием с определением штрафа на гэп

2)Построить локальное (частичное) оптимальное выравнивание тех же последовательностей с помощью программы water пакета EMBOSS

Пользуясь программой water, я создала файл с поледовательностью белка ALSB_ECOLI, родственного моему RBSB_ECOLI
Построение локального оптимального выравнивания двух белков — моего(RBSB_ECOLI) и родственного(ALSB_ECOLI) с помощью программы water

water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta rbsb_alsb.water -auto	a)Создался файл rbsb_alsb.water с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были отражены штрафы за гэп(за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5)
water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta aa.water	b)Создался файл aa.water с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были штрафы за гэп были утроены (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5) (самостоятельный ввод размеров штрафов)
water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta rbsb_alsb__ecoli_water.msf -aformat msf	c)Создался файл rbsb_alsb__ecoli_water.msf в формате, пригодном для импорта в GeneDoc, с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta
water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta small.water	b)Создался файл small.water с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были штрафы за гэп были уменьшены в два раза (за вставление пропуска - 5, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.25) (самостоятельный ввод размеров штрафов)

Ссылки на выравнивание:
a) Локальльное выравнивание с определением штрафа на гэп
b) Локальное выравнивание с утроенным штрафом за гэп
c) Картинка из GenDoc с локальным выравниванием с определением штрафа на гэп
b) Локальное выравнивание с уменьшенным штрафом за гэп в два раза

3)Сравнить полученные выравнивания

Сравнение глобальных выравниваний

есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?

есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?

Выравнивание глобальное с автоматическим размером штрафов за гэп (за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5)

Выравнивание глобальное с утроенным размером штрафа за гэп (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5)

Аминокислоте E в позиции 271 в первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены E (глутаминовая к-та) в 287 позиции во второй последовательности первого выравнивания и K (лизин) в 281 позиции второй последовательности второго выравнивания (выделено в желтой рамочке)

L (лейцин) в 282 позиции во второй последовательности сопоставлен T (треонин)в позиции 272 в первой последовательности во втором выравнивании,в первом выравнивании против этой же позиции 282 стоит пропуск (выделено в розовой рамочке)

есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?

есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?

Выравнивание локальное с автоматическим размером штрафов за гэп (за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5)

Выравнивание локальное с утроенным размером штрафа за гэп (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5)

Выравнивание локальное с уменьшенным размером штрафа за гэп в два раза(за вставление пропуска - 5, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.25)

Аминокислоте D ( аспарагиновая к-та) в 272 позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены G (глицин) в 290 позиции второй последовательности первого выравнивания и V (валин) в 284 позиции второй последовательности второго выравнивания, E (глутамин. к-та) в 287 позиции второй последовательности третьего выравнивания (выделено в зеленой рамочке)

В 281 позиции K (лизин) второй последовательности сопоставлен E (глутаминовая к-та)в позиции 269 первой последовательности во втором выравнивании,на 281 позиции K (лизин) сопоставлен E (глутаминовая к-та) в позиции 271 первой последовательности в третьем выравнивании,в первом выравнивании против этой же позиции 281 второй последовательности стоит пропуск (выделено в желтой рамочке)

Локальные выравнивания совпадают с соответствующими частями глобальных выравниваний