Занятие 1.
1.Поработаем в PyMOL с записью 1LMP банка PDB
Выберем мутацию, которая приведет к потере связывания с лигандом (Asn 103).
Сделала мутацию аспарагина на аланин (Ala 103)
2.Используя команды mset, mview, super, translate создадим анимационный ролик,
где происходит совмещение белков и показывается место мутации.
mov.pse
3.Создадим поли-аланиновую последовательность в форме валентинки.
Для изменения формы используем режим Editing и манипулируем торсионными углами.
4.Напишите скрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот.
frag ala
python
for x in range(2,100):
cmd.edit("/ala///"+str(x)+"/c")
editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
for x in range(3,100):
cmd.edit("/ala///"+str(x)+"/N","/ala///"+str(x)+"/CA")
cmd.torsion (82)
cmd.edit("/ala///"+str(x-1)+"/CA","/ala///"+str(x-1)+"/C")
cmd.torsion (178)
python end