Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.
-
Для димера пуриновых репрессоров
2PUG изобразим:
а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера;
Для этого были использованы команды:
load 1OYW_1.pdb
select contacts, chain a and (chain d around 5.0)
remove chain b+c+d
hide all
show ribbon, chain a
show surface, contacts
set transparency, 0.25
set surface_quality, 1
Здесь 1OYW_1.pdb - биологическая единица.
б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне
остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;
Красным цветом отмечен участок остова, взаимодействующий с цепью ДНК.
Использованные команды:
select contacts, chain a+d and (chain b+c around 5.0)
remove chain b+c
hide all
show ribbon, byres contacts
color red, contacts and chain d and name ca
show surface, contacts
set transparency, 0.2
set surface_quality, 1
в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали.
Использованные команды:
select contacts, chain b+c and (chain a+d around 5.0)
remove chain a+d
hide all
show sticks, chain b+c
show surface, contacts
set transparency, 0.2
set surface_quality, 1
Пользуясь сервисом PROTORP, найдем площадь контакта мономеров белка.
Таким образом, площадь контактов мономера белка - 2518.17 A2.
На гидрофобные взаимодействия приходится 44.23 % площади взаимодействия.
Пользуясь сервисом CluD, определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров всё того же белка объёмом не менее 10 атомов.
Список кластеров.
Изображение поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера.
Видно, что гидрофобных кластеров 6.
На сервисе pDomains определим доменную структуру:
а) одной из цепей белка 1OYW;
Видно, что все методы однозначно определили 3 домена цепи А в структуре.
б) цепи белка 2PUG.
Наиболее адекватным мне кажется разделение данной структуры на 3 домена.
Посмотрев на изображение, я сделала вывод, что в данном случае метод "cath" дает наиболее правильные результаты:
Но здесь довольно интересная ситуация. Получается, что два домена построены из двух, расположенных друг от друга на дальнем расстоянии, участков.