Занятие 2. SRS

 1. По структуре SRS и MRS очень похожи,в них в одинаковой последовательности раскывается суть отдельных полей. Отличие состоит в поле Features(особенности). В MRS информация в этом поле представлена в виде таблицы, как в обычном текстовом файле; в SRS же наглядно представлена структура особенностей, причём её можно посмотреть как в сжатом виде, так и в более расширенном. В остальном информация в этом поле совпадает. Что касается Uniprot, то в нём помимо подполей Характерные черты, Позиция, Длина, Расшифровка есть подполе Графическое изображение, чем эта поисковая система схожа с SRS. Кроме того, в Uniprot разными цветами отмечены разные участки вторичной структуры, что тоже удобно.



 2. Пользуясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, получаем:

- названия таксонов, которые начинаются на "gam": gambusia, gammaherpesvirinae, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea.

- английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - gammaproteobacteria

- в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий 83513.


3. Запросы:

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
ATP-dependent DNA helicase recQ	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:ATP-dependent*] & [swissprot-Description:DNA*]) & [swissprot-Description:helicase*]) & [swissprot-Description:recQ*]) | [swissprot-Description:ATP-dependent DNA helicase recQ*]))	4
DNA helicase recQ	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Description:DNA*] & [swissprot-Description:helicase*]) & [swissprot-Description:recQ*]) | [swissprot-Description:DNA helicase recQ*]))	4
ATP-dependent DNA helicase:	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Description:ATP-dependent*] & [swissprot-Description:DNA*]) & [swissprot-Description:helicase*]) | [swissprot-Description:ATP-dependent DNA helicase*]))	273
helicase recQ	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:helicase*] & [swissprot-Description:recQ*]) | [swissprot-Description:helicase recQ*]))	4

 

  4. По запросу ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:ATP-dependent*] & [swissprot-Description:DNA*]) & [swissprot-Description:helicase*]) & [swissprot-Description:recQ*]) | [swissprot-Description:ATP-dependent DNA helicase recQ*])) было получено 4 файла. Все они сохранены в фаста-формате в файле all.fasta.


  Дополнительные задания.


  1.  Для того, чтобы найти в SRS, в банке MEDLINE статьи последних трёх лет, я в поле "Abstract" ввела название моего белка (ATP-dependent DNA helicase recQ), в поле "Year" - (2007|2008|2009). В итоге получила следущие 8 статей:

 - Hyun,M., Bohr,V.A., Ahn,B. Biochemical characterization of the WRN-1 RecQ helicase of Caenorhabditis elegans. (2008)

 - Liao,S., Toczylowski,T., Yan,H. Identification of the Xenopus DNA2 protein as a major nuclease for the 5'->3' strand-specific processing of DNA ends. (2008)

 - Xu,X., Liu,Y. Dual DNA unwinding activities of the Rothmund-Thomson syndrome protein, RECQ4. (2009)

 - Machwe,A., Xiao,L., Lloyd,R.G., Bolt,E., Orren,D.K. Replication fork regression in vitro by the Werner syndrome protein (WRN): holliday junction formation, the effect of leading arm structure and a potential role for WRN exonuclease activity. (2007) Nucleic Acids Res 35

 - De Felice,M., Aria,V., Esposito,L., De Falco,M., Pucci,B., Rossi,M., Pisani,F.M. A novel DNA helicase with strand-annealing activity from the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus. (2007)

 - Harrigan,J.A., Piotrowski,J., Di Noto,L., Levine,R.L., Bohr,V.A. Metal-catalyzed oxidation of the Werner syndrome protein causes loss of catalytic activities and impaired protein-protein interactions. (2007)

 - Sharma,S., Brosh,R.M. Human RECQ1 is a DNA damage responsive protein required for genotoxic stress resistance and suppression of sister chromatid exchanges. (2007)

 - Izumikawa,K., Yanagida,M., Hayano,T., Tachikawa,H., Komatsu,W., Shimamoto,A., Futami,K., Furuichi,Y., Shinkawa,T., Yamauchi,Y., Isobe,T., Takahashi,N. Association of human DNA helicase RecQ5beta with RNA polymerase II and its possible role in transcription.

Введёный запрос: ((((([medline-Abstract:ATP-dependent*] & [medline-Abstract:DNA*]) & [medline-Abstract:helicase*]) & [medline-Abstract:recQ*]) | [medline-Abstract:ATP-dependent DNA helicase recQ*]) & (([medline-Year#2007:2007] | [medline-Year#2008:2008]) | [medline-Year#2009:2009]))


  2.  Для того, чтобы найти количество статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых есть А.А.Нейфах, в поле "Authors" я ввела "Ne*fakh*", так как третья буква может быть разной; в поле "Year" - 1970:1979, в результате получился следущий запрос: ([medline-Authors:Ne*fakh*] & [medline-Year#1970:1979]), и получено всего 78 статей.