PSI-BLAST

По результатам проведённых итераций заполним таблицу:

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	126	0.004	0.005	239	0.003	0.007
SSRP_ECOLI	P0A832	2	449	3e-10	5.0	449	8e-31	0.62
NUSB_ECOLI	P0A780	4	327	0.003	0.008	388	2e-12	0.031
RECQ_ECOLI	P15043	1	935	0.005	0.005	935	0.005	0.005

 

1. Для самой первой итерации PSI_BLAST нашёл 126 схожих белков выше порога 0.005. После третьей итерации на 1 изменилось число находок. Проделав 5 итераций, мы так и не добились стабилизации списка.

   Теперь что касается "разрывов" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей находки ниже порога. А также обратим внимание на то, как он меняется от итерации к итерации в каждом из случаев. Для начала проследим изменение E-Value для худшей находки выше порога: 0.004 - 7e-07 - 0.001 - 0.003 - 0.003. Как видно, от итерации к итерации изменение e-value немонотонное, для последних двух итераций e-value стабилизируется. Теперь то же самое, только для лучшей находки ниже порога: 0.005 - 0.008 - 0.010 - 0.007 - 0.007. E-value сначала монотонно возрастает, а потом тоже стабилизируется. Разрывы между E-value лучших и худших находок не сказать чтобы сильно существенны, но всё же присутствуют. В частности самый большой разрыв при второй итерации. Для лучшей находки ниже порога он составляет 0.008, а для худшей находки выше порога - 7e-07, то есть разница в целых 4 порядка.

2. При первой итерации PSI_BLAST нашёл 449 схожих белков. На этот раз список стабилизировался уже со второй итерации. К этому выводу я пришла по отсутствию значков "New" на странице результатов после второй итерации.

   E-value для худших находок выше порога для двух первых итераций: 3e-10 - 8e-31. Для лучших находок ниже порога: 5.0 - 0.62. E-value с повышением числа итераций уменьшается, причём уменьшается существенно. Разрыв между E-value для лучшей находки ниже порога и худшей находки выше порога велик для обеих итераций.

3. Результат первой итерации - 327 находок. Худшая находка выше порога: 0.003, лучшая находка ниже порога: 0.008. В результате второй итерации худшая находка выше порога: 0.006, лучшая находка ниже порога: 0.002. Последующие 2 итеграции привели к стабилизации списка.

   От второй итерации к четвёртой E-value худших находок выше порога изменяется следующим образом: 0.003 - 5e-07 - 2e-12 - 0.006. Разрыв между E-value разных итераций довольно высок. Изменение E-value лучших находок тоже неравномерное: 0.008 - 0.002 - 0.017 - 0.031. Разрыв между ними не настолько большой, как в предыдущем случае.

4. Для четвёртой последовательности "сходящейся" итерации не нашлось. В результате первой итерации было найдено множество гомологов из разнообразных семейств. E-value худшей находки выше порога составляет здесь 0.005. Для моего белка нашлось слишком много белков с параметром E-value < 0.005. Для того, чтобы получить результат, я указала максимальное число последовательностей, равное 20000. Поэтому последущие итерации BLAST отказывался совершать, постоянно выдавал ошибку. Поэтому я решила на первой итерации закончить.