Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков

Мне даны две последовательности:

>14
DPIECLFSFICSSNNNIARITGMVERLCQAFGPRLIQLDDVTYHGFPSLQ
ALAGPEVEAHLRKLGLGYRARYVSASARAILEEQGGLAWLQQLRESSYEE
AHKALCILPGVGTKVADCICLMALDKPQAVPVEVHMWHIAQRDYSWHPTT
SQAKGPSPQTNKELGNFFRSLWGPYAGWAQAVLFSADLRQ

>13
AARPGLRLPGCVDAFEQGVRAILGQLVSVAMAAKLTARVAQLYGERLDDF
PEYICFPTPQRLAAADPQALKALGMPLKRAEALIHLANAALEGTLPMTIP
GDVEQAMKTLQTFPGIGRWTANYFALRGWQAKDVFLPDDYLIKQRFPGMT
PAQIRRYAERWKPWRSYALLHIWYTEGWQPDEA

Далее представлена картинка из RasMol с наложением структур (остовная модель, окраска по цепям (красная - "а", синяя - "b"), CA-атомы — шариками небольшого размера):

Здесь представлены не полностью цепи белка, а только 1-250 участки обеих цепей.

Картинка из GeneDoc с выравниванием:

Я сохранила из GeneDoc файл в формате msf: Vyravnivanie.msf

2. Постройте выравнивание этих же последовательностей программой needle и сравните свое выравнивание с автоматически полученным. Оцените качество работы автоматического выравнивания в данном случае.

Картинка с глобальным выравниванием, сделанным needle:

Данное выравнивание я также сохранила в формате, пригодном для GenDoc: need.msf

Несложно заметить, что в автоматическом выравнивании намного большее число пропусков, чем в ручном выравнивании, благодаря чему достигается выравнивание с образованием расположенных группами совпавших колонок, а не стоящих поодиночке, как в первом выравнивании.