-
Создадим рабочую директорию на диске H: Aleksandrova/md.
-
Для работы будем использовать файлы:
дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp;
параметры для липидов lipid.itp;
координаты одного липида dppc.gro;
файл-заготовка тополгии системы b.top;
файл параметров для минимизации энергии em.mdp;
файл параметров для "утряски" воды pr.mdp;
файл параметров для молекулярной динамики md.mdp.
-
На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами:
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
С помощью editconf преобразуем dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы:
editconf -f dppc.gro -o dppc.pdb
editconf -f b_64.gro -o b_64.pdb
Геометрия системы неудачна: в одном из хвостов фосфолипида жирная кислота образует цикл.
-
Установим в файле b.top правильное количество липидов в системе (64).
-
Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, чтобы добавить примерно 2500 молекул воды:
editconf -f b_64.gro -o b-ec -d 0.5
-
Проведём оптимизацию геометрии системы, чтобы удалить "плохие" контакты молекул (циклы в остатках жирных кислот):
grompp -f em -c b-ec -p b -o b-em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
Начальное значение максимальной силы равно 4.37970e+05, конечное (после оптимизации) - 6.4541919e+02.
-
Добавим в ячейку молекулы воды типа spc:
genbox -cp b-em -p b -cs spc216 -o b-s
-
Проведем "утряску" воды:
grompp -f pr -c b-s -p b -o b-pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b-pr -v
-
Переформатируем b-pr.gro и b-s.gro в pdb-формат и сохраним результаты в файлах b-pr.pdb и b-s.pdb соответственно.
Теперь геометрия системы оптимизирована: никаких лишних циклов не наблюдается.
Кроме того, видна большая разница между системами без "утрясенной" воды (b-s.pdb) и с "утрясенной" водой (b-pr.pdb). Во втором случае вода распределена куда более хаотично и, как следствие, реалистично. Более того, она занимает большое пространство между молекулами липидов.
-
Скопируем эти файлы на суперкомпьютер. Для этого сначала зайдем на него и создадим папку:
ssh skif
mkdir Aleksandrova
exit
-
Теперь скопируем файлы:
cd Aleksandrova
scp -r md/* skif:Aleksandrova/
-
Запустим тестовое моделирование на суперкомпьютере:
ssh skif
cd Aleksandrova
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
mpirun -np 16 -q test -maxtime 5 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
Номер моей тестовой задачи: 77452. Файл не содержит ошибок.
-
Наконец, запускаем основное моделирование на суперкомпьютере
mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
Номер моей задачи - 240956.