Введение в PyMOL.

Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

1. Мутагенез в белке записи 1LMP

   Белок записи 1LMP содержит два лиганда: NDG (2-(acetylamino)-2-deoxy-a-d-glucopyranose) и NAG (N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE).
   Средствами Tc1/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведем мутацию в белке записи 1LMP, которая должна привести к потере связывания с лигандом.
   
   Покажем взаимодействие лиганда NAG-130 с аминокислотным остатком белка (ASN103):
   
   
   Заменим ASN103 на MET103, в результате чего связь между аминокислотой и лигандом должна нарушиться:
   
   
   

2. Создание анимационного ролика (mpeg)

   Используя команды mset, mview, super, translate создадим анимационный ролик (mpeg), где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Ролик был сохранен в файле py.mpg .
   
   

3. Построение поли-аланиновой последовательности в форме валентинки

   Создадим поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы будем использовать режим Editing и манипулирование торсионными углами. Ctrl+RightClick - выбор связи, Ctrl+LeftClick - вращение. Валентинка:
   
   
   

4. Написание скрипта для построения поли-аланиновой альфа-спирали длиной 100 аминокислот

   Скрипт был сохранен в файле ala.pml.