Электронная плотность

1.  В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации.
   Создадим изображение, на котором были видны обе конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка.
   
   Введём в PyMOL следующие команды:
   
   

   load 2B5A.pdb, 2b5a_coo
   load 2b5a.omap, 2b5a_map

   
   
   Теперь, оставив в графическом окне лишь остаток глутамина 21 цепи С, визуализируем поверхности уровней 1 и 0,5 электронной плотности в окрестности этого остатка с помощью команды isomesh:
   
   

   isomesh new_map1, 2b5a_map, 1, c/21/, 1
   isomesh new_map2, 2b5a_map, 0.5, c/21/, 1

   
   
   Первый аргумент в этой команде - имя нового объекта с изображением поверхности, второй - имя объекта с электронной плотностью, третий - уровень электронной плотности, четвертый - множество, для которой мы хотим изобразить электронную плотность, последний - "buffer".
   
   Полученное изображение:
   
   
   
   Желтым обозначена поверхность электронной плотности уровня 1.0, а синим - уровня 0.5.
   
   Теперь получим аналогичное изображение электронной плотности глутамина 21, но на этот раз цепи А.
   
   
   
   
   
2.  Для одного из больших аминокислотных остатков из структуры 1OYW.pdb создадим изображение, демонстрирующее электронную плотность вокруг проволочной модели этого остатка (большими будем считать остатки, имеющие более четырёх тяжёлых атомов в боковой цепи).
   
   Был выбран Аргинин 499 цепи А.
   
   
   
   
   
   Желтым обозначена поверхность электронной плотности уровня 1.0, а синим - уровня 0.5.