Характеристики PDB-файла; биологические единицы.

1.  Tехнические характеристики PDB.

   Технические характеристики записи 1OYW.PDB

   Разрешение	1.80 ANGSTROMS
   Число рефлексов	49265
   Полнота	99.7 %
   R-фактор	0.193
   Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления	FREE R VALUE : 0.245 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : NULL
   Кристаллографическая группа и тип симметрии	P 1 21 1
   Длины векторов a, b, c	66.696, 54.589 и 78.830
   Ортогональны ли базисные периоды?	углы между базисными периодами равны 90.00°, 110.85 ° и 90.00°, значит, базисные периоды не ортогональны
   Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой	совпадает
   Совпадает ли биологическая единица с ассимметрической единицей?	совпадает
   Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1?	нет

   
   
   
2.  Вычислим относительные координаты Сα-атома Глутаминовой кислоты-69 цепи А.
   

   ATOM     69  CA  GLU A  10      44.664  -3.609  -4.625  1.00 20.87           C 
   

   
   
   Абсолютные координаты: 44.664 -3.609 -4.625
   
   Матрица перехода из абсолютных координат в относительные и вектор трансляции (равен нулевому вектору):
   
   

   SCALE1      0.014993  0.000000  0.005710        0.00000                         
   SCALE2      0.000000  0.018319  0.000000        0.00000                         
   SCALE3      0.000000  0.000000  0.013574        0.00000                         
   

   
   Остается вычислить:
   

   0.014993*44.664+0.000000*-3.609+0.005710*-4.625= 0.696
   0.000000*44.664+0.018319*-3.609+0.000000*-4.625=-0.066 
   0.000000*44.664+0.000000*-3.609+0.013574*-4.625=-0.063
   

   
   Координаты атома в относительных координатах: 0.696, -0.066, -0.063
   
   
3.  Создание изображения асимметрической единицы и биологической единицы.
   
   Во-первых, необходимо скачать с сервера PDBe файл с биологической единицей записи 2PUG_1.pdb
   Во-вторых, файл с асимметрической единицей: 2PUG.pdb
   
   

   Асимметрическая единица:

   
   
   
   

   Биологическая единица:

   
   
   
   
   Асимметрическая единица включает одну цепь ДНК и 1 цепь белка. Следовательно, анализируя структуру только ассимметрической единицы невозможно получить полную информацию о взаимодействии цепей белка между собой и с ДНК. Необходимо анализаровать биологическую единицу, чтобы обладать полной информацией.