Программа BLASTP

1. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных БД

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка RECQ_ECOLI

	Поиск по БД Swiss-Prot	Поиск по БД PDB	Поиск по БД "NR"
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку)
Идентификатор БД	RECQ_ECOLI	1OYY	YP_002384744
E-value	0.0	0.0	0.0
Вес (в битах)	1266	1087	1254
% идентичности	609/609 (100%)	523/523 (100%)	606/609 (99%)
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?	Да, помимо моего белка с E-value 0.0 найдено ещё 4 белка. Среди них RECQ_SALTY.	Найден ещё 1 белок с таким же E-value: 1OYW_A.	Да, найдены. Среди них YP_002384744
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний, Descriptions, с E-value < 1E-10)	198 находок с E-value, не превышающим 10^-10	8 находок с E-value, не превышающим 10^-10	4040
2. "Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний (Descriptions)	1000	53	1000
Идентификатор БД	DCR1_CAEEL	2PL3	EAW63425
E-value	0.022	0.93	1e-87
Вес (в битах)	41.2	31.6	328
% идентичности	18/57 (31%)	13/33 (39%)	182/498 (36%)
% сходства	31/57 (54%)	19/33 (57%)	280/498 (56%)
Длина выравнивания	57	33	498
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.)	275-331 442-498	30-62 52-84	14-484 544-1034
% гэпов	49/364 (13%)	0/33 (0%)	1/592 (0%)

Краткий комментарий к таблице:

По поводу худшей находки в NR: худшая находка 4040 по списку, её e-value составляет 0.99, но парного выравнивания здесь BLAST не представил. Поэтому я укажу как худшую находку белок с e-value = 1e-87, для которого последним из списка представлено парное выравнивание с моим белком. Тоже самое в SwissProt, где худшая находка 1184 по списку и её E-value составляет 0.98, белок: POLG_HCVJF . Но в таблице представлены данные для белка DCR1_CAEEL.
Белок найден во всех 3-х базах данных.

Параметры выравнивания изучаемого белка с самим собой при поиске по разным БД отличаются в PDB, SwissProt и в Nr. Отличается вес, но не намного. В принципе должно отличаться E-value, что связано с тем, что E-value расчитывается по формуле E = l^.K^.L^.e^-λS, где L - объем банка данных, а л и K - параметры системы подсчета и размера поискового пространства. Таким образо, чем больше база данных, тем больше E-value. Следовательно, самый большой E-value в БД "nr", затем в "SwissProt" и только потом в PDB. Но в данном случае E-value настолько мал, что его округлили до целой части, то есть до 0.0.

Количество потенциальных гомологов различается, в SwissProt оно значительно превышает количество в PDB, а в nr оно самое большее. Объяснить это можно также, что и в предыдущем случае.

"Худшие" находки при поиске по разным БД не совпадают, их E-Value различаются на порядок. Лучшая из них 7e-82. Это снова непосредственно связано с объёмом БД.

2. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Основная задача - для изучаемого белка E. coli найти лучшего гомолога в организмах таксона, филогенетически как можно более далекого от E. coli. Для исследования предлагаются следующие таксоны: Homo sapiens, Archaea, Actinobacteria, Alteromonadales, Vibrionaceae (приведены в порядке приближения к E. coli). В этом же порядке проверяем на наличие гипотетического гомолога (критерий: E-value<0,001).

первый гомолог нашёлся сразу же в таксоне Homo sapiens, в нём их нашлось в общей сложности 38 штук. Итак, краткая характеристика первого гомолога:

Номер находки в списке описаний (Descriptions) 1

Идентификатор SwissProt P54132

E-value 1e-93

Вес (в битах) 340

% идентичности 222/646 (34%)

% сходства 348/646 (53%)

Длина выравнивания 646

Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.) 15-1287

% гэпов 10%

Данный белок, как и мой, принадлежит к семейству Геликазы, подсемейству RecQ, также содержит 1 АТФ-связывающий домен, 1 С-терминальный домен; также участвует в ДНК-репарации и репликации.

3. Поиск белка по его фрагменту

Таблица 2. Результаты поиска белка в Swiss-Prot по фрагменту последовательности

	Поиск по фрагменту	Поиск по полной последовательности
АС лучшей находки	P71359	P71359
E-value	4e-17	0.0
Вес (в битах)	84.6	1289
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?	Не найдены.	Да, найдено 4 белка с тем же значением E-value.

Выравнивание белка RECQ_ECOLI с родственным ему белком RECQ_HAEIN:

Вес выравнивания: 788 бит;

E-value: 0.0;

Процент идентичности: 63%

Процент сходства: 78%;

Длина выравнивания: 593;

Процент гэповых участков: 0%;

Query - RECQ_HAEIN, Sbjct - RECQ_ECOLI.

Query  16   ALSVLKSVFGYQSFRKGQEEVINAALNGQDALVVMATGNGKSLCYQIPALCFDGLTLVIS  75
            A  VL+  FGYQ FR GQEE+I+  L+G+D LVVM TG GKSLCYQIPAL  +GLT+V+S
Sbjct  13   AKQVLQETFGYQQFRPGQEEIIDTVLSGRDCLVVMPTGGGKSLCYQIPALLLNGLTVVVS  72

Query  76   PLISLMKDQVDQLQANGIEADFLNSSQTLEQQQQVQNKLISGQLKLLYVSPEKVMTNSFF  135
            PLISLMKDQVDQLQANG+ A  LNS+QT EQQ +V     +GQ++LLY++PE++M ++F 
Sbjct  73   PLISLMKDQVDQLQANGVAAACLNSTQTREQQLEVMTGCRTGQIRLLYIAPERLMLDNFL  132

Query  136  QLISYSKVCFIAIDEAHCISQWGHDFRPEYTQLGGLKASFPDAPIMALTATADYATQQDI  195
            + +++     +A+DEAHCISQWGHDFRPEY  LG L+  FP  P MALTATAD  T+QDI
Sbjct  133  EHLAHWNPVLLAVDEAHCISQWGHDFRPEYAALGQLRQRFPTLPFMALTATADDTTRQDI  192

Query  196  LRHLNLKNLHKYIGSFDRPNIRYTLEEKYKPMEQLTRFVLAQKGKSGIIYCNSRNKVERI  255
            +R L L +    I SFDRPNIRY L EK+KP++QL R+V  Q+GKSGIIYCNSR KVE  
Sbjct  193  VRLLGLNDPLIQISSFDRPNIRYMLMEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSRAKVEDT  252

Query  256  AESLRNKGVSAAAYHAGMETAIRERVQQDFQRDNVQVVVATIAFGMGINKSNVRFVAHFD  315
            A  L++KG+SAAAYHAG+E  +R  VQ+ FQRD++Q+VVAT+AFGMGINK NVRFV HFD
Sbjct  253  AARLQSKGISAAAYHAGLENNVRADVQEKFQRDDLQIVVATVAFGMGINKPNVRFVVHFD  312

Query  316  LPRSIESYYQETGRAGRDDLPAEAVLFYEPADYAWLQKILLEKPETPQRQIEQHKLEAIG  375
            +PR+IESYYQETGRAGRD LPAEA+LFY+PAD AWL++ L EKP+   + IE+HKL A+G
Sbjct  313  IPRNIESYYQETGRAGRDGLPAEAMLFYDPADMAWLRRCLEEKPQGQLQDIERHKLNAMG  372

Query  376  EFAESQTCRRLVLLNYFGEHRQTPCNNCDICLDPPKKYDGLVDAQKVMSTIYRVGQCFGA  435
             FAE+QTCRRLVLLNYFGE RQ PC NCDICLDPPK+YDG  DAQ  +STI RV Q FG 
Sbjct  373  AFAEAQTCRRLVLLNYFGEGRQEPCGNCDICLDPPKQYDGSTDAQIALSTIGRVNQRFGM  432

Query  436  HYVIAVLRGMHNQKIIERQHHKLSVYGIGKDKSKEHWQSVIRQLIHLGFVQQVISELNPT  495
             YV+ V+RG +NQ+I +  H KL VYG+G+DKS EHW SVIRQLIHLG V Q I++ +  
Sbjct  433  GYVVEVIRGANNQRIRDYGHDKLKVYGMGRDKSHEHWVSVIRQLIHLGLVTQNIAQ-HSA  491

Query  496  LQLTESAKVILKGEEPLELAMPRISAISKIAHNPQRQGVANYDKDLFARLRFLRKQIADK  555
            LQLTE+A+ +L+GE  L+LA+PRI A+   A   Q+    NYD+ LFA+LR LRK IAD+
Sbjct  492  LQLTEAARPVLRGESSLQLAVPRIVALKPKAM--QKSFGGNYDRKLFAKLRKLRKSIADE  549

Query  556  ENIPPYIVFNDATLQEMAQYMPTSNIEMLQINGVGSIKLERFGQPFMALIQEH  608
             N+PPY+VFNDATL EMA+ MP +  EML +NGVG  KLERFG+PFMALI+ H
Sbjct  550  SNVPPYVVFNDATLIEMAEQMPITASEMLSVNGVGMRKLERFGKPFMALIRAH  602

Пробное выравнивание:

Данный фрагмент из выравнивания, предложенного программой BlastP:

Query  76   PLISLMKDQVDQLQANGIEADFLNSSQTLEQQQQVQNKLISGQLKLLYVSPEKVMTNSFF  135
            PLISLMKDQVDQLQANG+ A  LNS+QT EQQ +V     +GQ++LLY++PE++M ++F 
Sbjct  73   PLISLMKDQVDQLQANGVAAACLNSTQTREQQLEVMTGCRTGQIRLLYIAPERLMLDNFL  132

Видно, что выравнивания совпадают на участке 91-115 по RECQ_Ecoli. Разница только в том, что в выравнивании, предложеннном BLASTP, отсутсвуют гэпы, а в пробном выравнивании их 5. В целом совпали одни и те же аминокислоты в колонках.

Поиск белка по фрагменту необходим для того, чтобы определить белок, выравнивания с которым мы проводили при пробных выравниваниях. RECQ_HAEIN - идентификатор этого белка в SwissProt. Его аминокислотная последовательность сохранена в файле: RECQ_HAEIN.fasta. Малая длина последоватеьности, как видно из таблицы, даёт большое значение E-Value.

3. Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.

Мы получили выравнивание двух белков. Теперь сравним это выравнивание, а также выравнивание, выданное BLASTP:

а) с оптимальным частичным выравниванием;

Сравнивать выравнивание, выданное BLAST, с оптимальным выравниванием имеет смысл, если последнее является оптимальным для функции Score, вычисляемой при тех же значениях штрафов за создание и удлинение гэпа, которыми пользовался BLAST. Поэтому прежде всего заглядываем в меню "Algorithm parameters" в самом конце страницы запроса BLASTP и из строки "Gap Costs" извлекаем необходимую информацию: existense-10, extension-1. Затем построим оптимальные локальное и глобальное выравнивания полных последовательностей соответствующих белков при тех же параметрах.

Полное парное оптимальное выравнивание, предложенное BLASTP (Gap_penalty: 11.0, Gap extension penalty [0.5]: 1.0):

Вес выравнивания: 788 бит;

E-value: 0.0;

Процент идентичности: 63%

Процент сходства: 78%;

Длина выравнивания: 593;

Процент гэповых участков: 0%;

Query - RECQ_HAEIN, Sbjct - RECQ_ECOLI.

Query  16   ALSVLKSVFGYQSFRKGQEEVINAALNGQDALVVMATGNGKSLCYQIPALCFDGLTLVIS  75
            A  VL+  FGYQ FR GQEE+I+  L+G+D LVVM TG GKSLCYQIPAL  +GLT+V+S
Sbjct  13   AKQVLQETFGYQQFRPGQEEIIDTVLSGRDCLVVMPTGGGKSLCYQIPALLLNGLTVVVS  72

Query  76   PLISLMKDQVDQLQANGIEADFLNSSQTLEQQQQVQNKLISGQLKLLYVSPEKVMTNSFF  135
            PLISLMKDQVDQLQANG+ A  LNS+QT EQQ +V     +GQ++LLY++PE++M ++F 
Sbjct  73   PLISLMKDQVDQLQANGVAAACLNSTQTREQQLEVMTGCRTGQIRLLYIAPERLMLDNFL  132

Query  136  QLISYSKVCFIAIDEAHCISQWGHDFRPEYTQLGGLKASFPDAPIMALTATADYATQQDI  195
            + +++     +A+DEAHCISQWGHDFRPEY  LG L+  FP  P MALTATAD  T+QDI
Sbjct  133  EHLAHWNPVLLAVDEAHCISQWGHDFRPEYAALGQLRQRFPTLPFMALTATADDTTRQDI  192

Query  196  LRHLNLKNLHKYIGSFDRPNIRYTLEEKYKPMEQLTRFVLAQKGKSGIIYCNSRNKVERI  255
            +R L L +    I SFDRPNIRY L EK+KP++QL R+V  Q+GKSGIIYCNSR KVE  
Sbjct  193  VRLLGLNDPLIQISSFDRPNIRYMLMEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSRAKVEDT  252

Query  256  AESLRNKGVSAAAYHAGMETAIRERVQQDFQRDNVQVVVATIAFGMGINKSNVRFVAHFD  315
            A  L++KG+SAAAYHAG+E  +R  VQ+ FQRD++Q+VVAT+AFGMGINK NVRFV HFD
Sbjct  253  AARLQSKGISAAAYHAGLENNVRADVQEKFQRDDLQIVVATVAFGMGINKPNVRFVVHFD  312

Query  316  LPRSIESYYQETGRAGRDDLPAEAVLFYEPADYAWLQKILLEKPETPQRQIEQHKLEAIG  375
            +PR+IESYYQETGRAGRD LPAEA+LFY+PAD AWL++ L EKP+   + IE+HKL A+G
Sbjct  313  IPRNIESYYQETGRAGRDGLPAEAMLFYDPADMAWLRRCLEEKPQGQLQDIERHKLNAMG  372

Query  376  EFAESQTCRRLVLLNYFGEHRQTPCNNCDICLDPPKKYDGLVDAQKVMSTIYRVGQCFGA  435
             FAE+QTCRRLVLLNYFGE RQ PC NCDICLDPPK+YDG  DAQ  +STI RV Q FG 
Sbjct  373  AFAEAQTCRRLVLLNYFGEGRQEPCGNCDICLDPPKQYDGSTDAQIALSTIGRVNQRFGM  432

Query  436  HYVIAVLRGMHNQKIIERQHHKLSVYGIGKDKSKEHWQSVIRQLIHLGFVQQVISELNPT  495
             YV+ V+RG +NQ+I +  H KL VYG+G+DKS EHW SVIRQLIHLG V Q I++ +  
Sbjct  433  GYVVEVIRGANNQRIRDYGHDKLKVYGMGRDKSHEHWVSVIRQLIHLGLVTQNIAQ-HSA  491

Query  496  LQLTESAKVILKGEEPLELAMPRISAISKIAHNPQRQGVANYDKDLFARLRFLRKQIADK  555
            LQLTE+A+ +L+GE  L+LA+PRI A+   A   Q+    NYD+ LFA+LR LRK IAD+
Sbjct  492  LQLTEAARPVLRGESSLQLAVPRIVALKPKAM--QKSFGGNYDRKLFAKLRKLRKSIADE  549

Query  556  ENIPPYIVFNDATLQEMAQYMPTSNIEMLQINGVGSIKLERFGQPFMALIQEH  608
             N+PPY+VFNDATL EMA+ MP +  EML +NGVG  KLERFG+PFMALI+ H
Sbjct  550  SNVPPYVVFNDATLIEMAEQMPITASEMLSVNGVGMRKLERFGKPFMALIRAH  602

Теперь представим глобальное выравнивание программы NEEDLE (Gap_penalty: 11.0, Gap extension penalty [0.5]: 1.0):

Вес выравнивания: 1933 бит;

E-value: 0.0;

Процент идентичности: 61,2%

Процент сходства: 75,8%;

Длина выравнивания: 621;

Процент гэповых участков: 2,3%.

RECQ_HAEIN         1 MLDSPLLSKIIEKPTALSVLKSVFGYQSFRKGQEEVINAALNGQDALVVM     50
                     |..:.:|:.   :..|..||:..||||.||.||||:|:..|:|:|.||||
RECQ_ECOLI         1 MAQAEVLNL---ESGAKQVLQETFGYQQFRPGQEEIIDTVLSGRDCLVVM     47

RECQ_HAEIN        51 ATGNGKSLCYQIPALCFDGLTLVISPLISLMKDQVDQLQANGIEADFLNS    100
                     .||.|||||||||||..:|||:|:||||||||||||||||||:.|..|||
RECQ_ECOLI        48 PTGGGKSLCYQIPALLLNGLTVVVSPLISLMKDQVDQLQANGVAAACLNS     97

RECQ_HAEIN       101 SQTLEQQQQVQNKLISGQLKLLYVSPEKVMTNSFFQLISYSKVCFIAIDE    150
                     :||.|||.:|.....:||::|||::||::|.::|.:.:::.....:|:||
RECQ_ECOLI        98 TQTREQQLEVMTGCRTGQIRLLYIAPERLMLDNFLEHLAHWNPVLLAVDE    147

RECQ_HAEIN       151 AHCISQWGHDFRPEYTQLGGLKASFPDAPIMALTATADYATQQDILRHLN    200
                     |||||||||||||||..||.|:..||..|.||||||||..|:|||:|.|.
RECQ_ECOLI       148 AHCISQWGHDFRPEYAALGQLRQRFPTLPFMALTATADDTTRQDIVRLLG    197

RECQ_HAEIN       201 LKNLHKYIGSFDRPNIRYTLEEKYKPMEQLTRFVLAQKGKSGIIYCNSRN    250
                     |.:....|.|||||||||.|.||:||::||.|:|..|:|||||||||||.
RECQ_ECOLI       198 LNDPLIQISSFDRPNIRYMLMEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSRA    247

RECQ_HAEIN       251 KVERIAESLRNKGVSAAAYHAGMETAIRERVQQDFQRDNVQVVVATIAFG    300
                     |||..|..|::||:||||||||:|..:|..||:.||||::|:||||:|||
RECQ_ECOLI       248 KVEDTAARLQSKGISAAAYHAGLENNVRADVQEKFQRDDLQIVVATVAFG    297

RECQ_HAEIN       301 MGINKSNVRFVAHFDLPRSIESYYQETGRAGRDDLPAEAVLFYEPADYAW    350
                     |||||.|||||.|||:||:||||||||||||||.|||||:|||:|||.||
RECQ_ECOLI       298 MGINKPNVRFVVHFDIPRNIESYYQETGRAGRDGLPAEAMLFYDPADMAW    347

RECQ_HAEIN       351 LQKILLEKPETPQRQIEQHKLEAIGEFAESQTCRRLVLLNYFGEHRQTPC    400
                     |::.|.|||:...:.||:|||.|:|.|||:||||||||||||||.||.||
RECQ_ECOLI       348 LRRCLEEKPQGQLQDIERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLNYFGEGRQEPC    397

RECQ_HAEIN       401 NNCDICLDPPKKYDGLVDAQKVMSTIYRVGQCFGAHYVIAVLRGMHNQKI    450
                     .||||||||||:|||..|||..:|||.||.|.||..||:.|:||.:||:|
RECQ_ECOLI       398 GNCDICLDPPKQYDGSTDAQIALSTIGRVNQRFGMGYVVEVIRGANNQRI    447

RECQ_HAEIN       451 IERQHHKLSVYGIGKDKSKEHWQSVIRQLIHLGFVQQVISELNPTLQLTE    500
                     .:..|.||.|||:|:|||.|||.||||||||||.|.|.|:: :..|||||
RECQ_ECOLI       448 RDYGHDKLKVYGMGRDKSHEHWVSVIRQLIHLGLVTQNIAQ-HSALQLTE    496

RECQ_HAEIN       501 SAKVILKGEEPLELAMPRISAISKIAHNPQRQGVANYDKDLFARLRFLRK    550
                     :|:.:|:||..|:||:|||.|:...|  .|:....|||:.|||:||.|||
RECQ_ECOLI       497 AARPVLRGESSLQLAVPRIVALKPKA--MQKSFGGNYDRKLFAKLRKLRK    544

RECQ_HAEIN       551 QIADKENIPPYIVFNDATLQEMAQYMPTSNIEMLQINGVGSIKLERFGQP    600
                     .|||:.|:|||:|||||||.|||:.||.:..|||.:||||..||||||:|
RECQ_ECOLI       545 SIADESNVPPYVVFNDATLIEMAEQMPITASEMLSVNGVGMRKLERFGKP    594

RECQ_HAEIN       601 FMALIQEHKAILANAQNND--    619
                     |||||:.|      ...:|
RECQ_ECOLI       595 FMALIRAH------VDGDDEE    609

Это выравнивание в точности совпадает с выравниванием, представленным программой BLASTP.

Оптимальное локальное выравнивание программы Water (Gap_penalty: 11.0, Gap extension penalty [0.5]: 1.0):

Вес выравнивания: 1949 бит;

E-value: 0.0;

Процент идентичности: 63,6%

Процент сходства: 78,1%;

Длина выравнивания: 593;

Процент гэповых участков: 0,5%.

RECQ_ECOLI        13 AKQVLQETFGYQQFRPGQEEIIDTVLSGRDCLVVMPTGGGKSLCYQIPAL     62
                     |..||:..||||.||.||||:|:..|:|:|.||||.||.|||||||||||
RECQ_HAEIN        16 ALSVLKSVFGYQSFRKGQEEVINAALNGQDALVVMATGNGKSLCYQIPAL     65

RECQ_ECOLI        63 LLNGLTVVVSPLISLMKDQVDQLQANGVAAACLNSTQTREQQLEVMTGCR    112
                     ..:|||:|:||||||||||||||||||:.|..|||:||.|||.:|.....
RECQ_HAEIN        66 CFDGLTLVISPLISLMKDQVDQLQANGIEADFLNSSQTLEQQQQVQNKLI    115

RECQ_ECOLI       113 TGQIRLLYIAPERLMLDNFLEHLAHWNPVLLAVDEAHCISQWGHDFRPEY    162
                     :||::|||::||::|.::|.:.:::.....:|:|||||||||||||||||
RECQ_HAEIN       116 SGQLKLLYVSPEKVMTNSFFQLISYSKVCFIAIDEAHCISQWGHDFRPEY    165

RECQ_ECOLI       163 AALGQLRQRFPTLPFMALTATADDTTRQDIVRLLGLNDPLIQISSFDRPN    212
                     ..||.|:..||..|.||||||||..|:|||:|.|.|.:....|.||||||
RECQ_HAEIN       166 TQLGGLKASFPDAPIMALTATADYATQQDILRHLNLKNLHKYIGSFDRPN    215

RECQ_ECOLI       213 IRYMLMEKFKPLDQLMRYVQEQRGKSGIIYCNSRAKVEDTAARLQSKGIS    262
                     |||.|.||:||::||.|:|..|:|||||||||||.|||..|..|::||:|
RECQ_HAEIN       216 IRYTLEEKYKPMEQLTRFVLAQKGKSGIIYCNSRNKVERIAESLRNKGVS    265

RECQ_ECOLI       263 AAAYHAGLENNVRADVQEKFQRDDLQIVVATVAFGMGINKPNVRFVVHFD    312
                     |||||||:|..:|..||:.||||::|:||||:||||||||.|||||.|||
RECQ_HAEIN       266 AAAYHAGMETAIRERVQQDFQRDNVQVVVATIAFGMGINKSNVRFVAHFD    315

RECQ_ECOLI       313 IPRNIESYYQETGRAGRDGLPAEAMLFYDPADMAWLRRCLEEKPQGQLQD    362
                     :||:||||||||||||||.|||||:|||:|||.|||::.|.|||:...:.
RECQ_HAEIN       316 LPRSIESYYQETGRAGRDDLPAEAVLFYEPADYAWLQKILLEKPETPQRQ    365

RECQ_ECOLI       363 IERHKLNAMGAFAEAQTCRRLVLLNYFGEGRQEPCGNCDICLDPPKQYDG    412
                     ||:|||.|:|.|||:||||||||||||||.||.||.||||||||||:|||
RECQ_HAEIN       366 IEQHKLEAIGEFAESQTCRRLVLLNYFGEHRQTPCNNCDICLDPPKKYDG    415

RECQ_ECOLI       413 STDAQIALSTIGRVNQRFGMGYVVEVIRGANNQRIRDYGHDKLKVYGMGR    462
                     ..|||..:|||.||.|.||..||:.|:||.:||:|.:..|.||.|||:|:
RECQ_HAEIN       416 LVDAQKVMSTIYRVGQCFGAHYVIAVLRGMHNQKIIERQHHKLSVYGIGK    465

RECQ_ECOLI       463 DKSHEHWVSVIRQLIHLGLVTQNIAQ-HSALQLTEAARPVLRGESSLQLA    511
                     |||.|||.||||||||||.|.|.|:: :..|||||:|:.:|:||..|:||
RECQ_HAEIN       466 DKSKEHWQSVIRQLIHLGFVQQVISELNPTLQLTESAKVILKGEEPLELA    515

RECQ_ECOLI       512 VPRIVALKPKA--MQKSFGGNYDRKLFAKLRKLRKSIADESNVPPYVVFN    559
                     :|||.|:...|  .|:....|||:.|||:||.|||.|||:.|:|||:|||
RECQ_HAEIN       516 MPRISAISKIAHNPQRQGVANYDKDLFARLRFLRKQIADKENIPPYIVFN    565

RECQ_ECOLI       560 DATLIEMAEQMPITASEMLSVNGVGMRKLERFGKPFMALIRAH    602
                     ||||.|||:.||.:..|||.:||||..||||||:||||||:.|
RECQ_HAEIN       566 DATLQEMAQYMPTSNIEMLQINGVGSIKLERFGQPFMALIQEH    608

Это выравнивание также полностью совпадает с выравниванием BLASTP и NEEDLE. Удивительно, что при этом отличаются количественные данные. Возможно, это связано с тем, что в NEEDLE, WATER и BLASTP за каждый штраф за гэп начисляются разные веса.

Номер находки в списке описаний (Descriptions)	1
Идентификатор SwissProt	P54132
E-value	1e-93
Вес (в битах)	340
% идентичности	222/646 (34%)
% сходства	348/646 (53%)
Длина выравнивания	646
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.)	15-1287
% гэпов	10%