Страница курса биоинформатики
Факультет биоинженерии и биоинформатики
fiber -a gatc-a.pdb
fiber -b gatc-b.pdb
были построены A- и B-формы дуплекса ДНК, последовательностью одной из нитей которого является 4 раза повторенная последовательность "gatc". А-форма сохранена в файле gatc-a.pdb, В-форма - в файле gatc-b.pdb
| A-форма | B-форма | Файл dna6.pdb | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | правая |
| Шаг спирали (Å) | 26,06 | 26,34 | 25,18 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 10 |
| Ширина большой бороздки | 7,63 (C4A.P-A22B.P) | 17,2 (T10B.P-A4A.P) | 8.73 (A44A.P-A68B.P) |
| Ширина малой бороздки | 16,97 (C8A.P-C28B.P) | 11,68 (T21B.P-T8A.P) | 14,8 (G47A.P-U76B.P) |
Note: alpha: O3'(i-1)-P-O5'-C5'
beta: P-O5'-C5'-C4'
gamma: O5'-C5'-C4'-C3'
delta: C5'-C4'-C3'-O3'
epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
zeta: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)
chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 A --- --- 55.2 84.0 -147.7 -48.3 -168.5
2 A -74.5 179.9 57.1 84.5 -138.0 -75.0 -160.3
3 C -64.9 162.4 53.7 80.7 -150.0 -69.6 -157.5
4 G -66.6 173.5 56.5 78.7 -154.3 -78.2 -167.9
5 G -69.1 179.3 54.4 79.8 -151.4 -66.1 -167.2
6 G -63.4 179.1 53.5 81.3 -145.7 -81.7 -159.4
7 C -68.6 171.0 51.4 80.9 -155.8 -73.5 -151.3
8 G -61.5 171.5 55.1 80.1 -151.5 -71.2 -162.4
9 C -66.6 172.1 58.0 83.4 -157.1 -71.4 -158.0
10 A -71.8 179.2 55.9 82.1 -154.4 -68.8 -161.1
11 G -62.4 173.1 56.1 82.7 -153.5 -68.5 -159.6
12 A -62.0 176.4 52.4 82.1 --- --- -142.6
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 U -59.5 162.0 58.8 88.9 --- --- -152.5
2 U -64.6 172.3 59.2 85.5 -148.2 -70.0 -160.5
3 G -68.5 -179.5 54.3 82.9 -152.9 -71.6 -164.2
4 C -67.4 -170.7 53.4 83.4 -151.5 -71.4 -165.5
5 A --- 101.2 172.3 83.9 -140.3 -65.2 172.2
6 G -55.2 174.6 57.4 144.7 --- --- 65.2
7 G -63.9 175.1 57.0 83.1 -152.5 -80.3 -158.6
8 C --- 106.3 -174.1 82.3 -148.4 -71.6 -162.3
9 G -69.7 179.0 51.1 81.5 --- --- -163.3
10 U -61.5 156.2 57.9 83.1 -152.8 -66.8 -165.3
11 C -62.6 149.2 58.7 81.8 -133.4 -89.8 -161.7
12 U --- --- 47.8 85.5 -128.3 -89.8 -161.5
торсионные углы в А-форме
Note: alpha: O3'(i-1)-P-O5'-C5'
beta: P-O5'-C5'-C4'
gamma: O5'-C5'-C4'-C3'
delta: C5'-C4'-C3'-O3'
epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
zeta: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)
chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
2 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
7 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 C -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.0 -157.2
9 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
13 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
16 C -51.7 174.8 41.7 79.1 --- --- -157.2
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -51.7 174.8 41.7 79.0 --- --- -157.2
2 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
7 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
9 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
13 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
16 G --- 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
торсионные углы в В-форме
Note: alpha: O3'(i-1)-P-O5'-C5'
beta: P-O5'-C5'-C4'
gamma: O5'-C5'-C4'-C3'
delta: C5'-C4'-C3'-O3'
epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
zeta: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)
chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 A --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
2 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
4 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
5 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
9 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
10 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 C -29.9 136.3 31.2 143.3 --- --- -98.0
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 T -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0
2 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
4 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
5 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
9 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
10 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 G --- 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
Сравнивая значение торсионных углов, видим, что структура из файла dna6.pdb схожа с А-формой, также
можно объяснить не очень правильную форму этой структуры, исходя из разброса значений углов, тогда как
значения торсионных углов в А- и В-формах имеют меньший разброс, что определяет структуру.
Переход на главную страницу
© Суворова Анастасия