Дополнительные задания

Задание 1

Метка поля

Белок YAHK_ECOLI

Белок ZDH1_STAEQ

Первый код доступа

AC


P75691


Q5HM44

Индификатор последовательности в БД

ID


YAHK_ECOLI


ZDH1_STAEQ

Название (краткое описание) белка

DE


Zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein yahK


Zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein SERP1785

Дата создания документа

DT

01-NOV-1997

20-DEC-2005

Дата последнего исправления аннотации

DT

12-DEC-2006

23-JAN-2007

Название организма

OS


Escherichia coli


Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A)

Классификация организма (список таксонов)

OC


Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia.


Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Staphilococcus

Длина последовательности

FT

349

336

Молекулярная масса белка

SQ

37978 MW

37583 MW

Число публикаций, использованных при создании документа

RN

4

1

Журнал и год самой поздней публикации

RL

Mol. Syst. Biol.(2006)

J. Bacteriol. 187:2426-2438(2005)

Описание вторичной структуры

FT


описание вторичной структуры состоит в указании элементов вторичной структуры: бета-тяжей (всего 17), альфа-спиралей (18) и поворотов (20). Также указаны номера аминокислотных остатков, входящих в состав элементов вторичной структуры.

описание вторичной структуры отсуствует

Ключевые слова

KW


3D-structure; Complete proteome; Metal-binding; Oxidoreductase; Zinc.


Complete proteome; Metal-binding; Oxidoreductase; Zinc.

Темы, освещенные в коментариях

CC


COFACTOR: Binds 2 zinc ions per subunit.
SIMILARITY: Belongs to the zinc-containing alcohol dehydrogenase family.


SIMILARITY: Belongs to the zinc-containing alcohol dehydrogenase family. Quinone oxidoreductase subfamily.

Особенности последовательности

RP


геномная ДНК (GENOMIC DNA)


геномная ДНК (GENOMIC DNA)

Идентификаторы записей PDB

DR


1UUF;


нет

Впечатление от сравнения данных YAHK_ECOLI и ZDH1_STAEQ:

Сравнивая документы о двух данных белках я пришла к выводу, что белок ZDH1_STAEQ изучен в меньшей степени, чем белок YAHK_ECOLI, так как для ZDH1_STAEQ
отсутствует описание вторичнных структур, а также ссылка на pdb-файл, в котором содержиться информация о вторичной и третичной структурах белка.
Белок ZDH1_STAEQ принеадлежит к подсемейству хиноновых оксидоредуктаз, для YAHK_ECOLI это
не отмечено. (Оба эти белка принадлежат к семейству цинк-содержащих алкогольных дегидрогеназ.)

Задание 2

Общее в последовательностях YAHK_ECOLI и ZDH1_STAEQ :
Одна и таже аминокислота на данной позиции в обоих последовательностях

MKAIGFKSSF QLDEGNCFEE FNFDIPHPSG HELLVKVQSI SVNPVDTKQR TMPVDKAPRV LGFDAVGVIE
MKIKAVGAYS AKQPLEPMDI TRREPGPNDV KIEIAYCGVC HSDLHQVRSE WAGTVYPCVP GHEIVGRVVA


KIGDQVSMFQ EGDVVFYSGS PNQNGSNEEY QLIEEYLVAK APTNLKSEQA ASLPLTGLTA YETLFDVFGI
VGDQVEKYAP GDLVGVGCIV DSCKHCEECE DGLENYCDHM TGTYNSPTPD EPGHTLGGYS QQIVVHERYV


SKEPSENKGK SLLIINGAGG VGSIATQIAK FYGLKVITTA SREDTIKWSV NMGADVVLNH KKDLSQQFKD
LRIRHPQEQL AAVAPLLCAG ITTYSPLRHW QAGPGKKVGV VGIGGLGHMG IKLAHAMGAH VVAFTTSEAK


NHIEGVDYIF CTFDTDMYYE MMVNLVKPRG HIATIVAFNS QQDLNLLKSK SVTFTHEFMF SRPLHHTDDV
REAAKALGAD EVVNSRNADE MAAHLKSFDF ILNTVAAPHN LDDFTTLLKR DGTMTLVGAP ATPHKSPEVF


IKHHEYLKDI TEKVEQGYYQ PTTTKVIDGL DVDSLYEAHQ ILESHSMIGK LVINLK
NLIMKRRAIA GSMIGGIPET QEMLDFCAEH GIVADIEMIR ADQINEAYER MLRGDVKYRF VIDNRTLTD

Последовательность из нескольких аминокислот, расположенных на одноименных позициях или со сдвигом на одну аминокислоту

MKAIGFKSSF QLDEGNCFEE FNFDIPHPSG HELLVKVQSI SVNPVDTKQR TMPVDKAPRV LGFDAVGVIE
MKIKAVGAYS AKQPLEPMDI TRREPGPNDV KIEIAYCGVC HSDLHQVRSE WAGTVYPCVP GHEIVGRVVA


KIGDQVSMFQ EGDVVFYSGS PNQNGSNEEY QLIEEYLVAK APTNLKSEQA ASLPLTGLTA YETLFDVFGI
VGDQVEKYAP GDLVGVGCIV DSCKHCEECE DGLENYCDHM TGTYNSPTPD EPGHTLGGYS QQIVVHERYV


SKEPSENKGK SLLIINGAGG VGSIATQIAK FYGLKVITTA SREDTIKWSV NMGADVVLNH KKDLSQQFKD
LRIRHPQEQL AAVAPLLCAG ITTYSPLRHW QAGPGKKVGV VGIGGLGHMG IKLAHAMGAH VVAFTTSEAK


NHIEGVDYIF CTFDTDMYYE MMVNLVKPRG HIATIVAFNS QQDLNLLKSK SVTFTHEFMF SRPLHHTDDV
REAAKALGAD EVVNSRNADE MAAHLKSFDF ILNTVAAPHN LDDFTTLLKR DGTMTLVGAP ATPHKSPEVF


IKHHEYLKDI TEKVEQGYYQ PTTTKVIDGL DVDSLYEAHQ ILESHSMIGK LVINLK
NLIMKRRAIA GSMIGGIPET QEMLDFCAEH GIVADIEMIR ADQINEAYER MLRGDVKYRF VIDNRTLTD

.............. -последовательность белка YAHK_ECOLI
_________ - последовательность белка ZDH1_STAEQ

Задание 3

Статья:
Hayashi K., Morooka N., Yamamoto Y., Fujita K., Isono K., Choi S., Ohtsubo E., Baba T., Wanner B.L., Mori H., Horiuchi T.;
Highly accurate genome sequences of Escherichia coli K-12 strains MG1655 and W3110.";
(Более точная геномная последовательность Escherichia coli K-12 цепей MG1655 и W3110.)


В статье говориться о том, что Escherichia coli K-12 изучалась на основе секвенирования
двух близких (родственных) цепей MG1655 и W3110. Изначально разница данных двух цепей составляла 267 сайтов.
Но благодаря методу ПЦР( PCR-Polymerase Chain Reaction) было выявлено, что цепи MG1655 и W3110
различаются только по 8 сайтам. Причиной же ошибок было использование методов радиактивной
химии при секвенировании данных последовательностей

на главную

назад

©Lisitsyna Olga