Характеристика паттернов

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены
Фрагмент последовательности EFVIDVLQKFFSYDVERATQLMLAV  18  нет
Сильный [ED]-F-V-[VI]-[DEVH]-[VI]-L-[QEMT]-[KRQE]-[FVI]-F-[SNAM]-[YMKL]-
-[DSANG]-[VIMRELQ]-[EK]-[RKDQ]-A-
-[TV]-[QRA]-[LV]
 40  да
Слабый [ED]-F-V-[AVIL]-X-[AVIL]-L-X-X-X-[FTI]-F-X-X-X-X-{AGTSP}-
-X-[AGILV]-[VT]-{IVLFYWH}-[VIL]
или
([ED]-F-V-[AVIL]-X-[AVIL]-L-X(2)-[FTI]-F-X(4)-{AGTSP}-
-X-[AGILV]-[VT]-{IVLFYWH}-[VIL])
 95  да

Для разных задач надо использовать разные паттерны: с помощью паттерна-последовательности мы можем найти самых близких гомологов белка, с помощью сильного паттерна - большее число гомологов, с меньшей схожестью, а с помощью слабого паттерна - мы можем получить случайные находки.
Второй семестр
Главная страница
©

Гардиева Алиса,2007