Комментарии
C помощью программы prophecy пакета EMBOSS на сервере kodomo-count была
построена позиционно-специфичная матрица частот аминокислотных остатков
(Position Specific Score Matrix, PSSM).
Программа была запущена с параметрами по умолчанию: тип профиля - F ;
пороговое значение сходства последовательностей для отчёта - 75%
("Enter threshold reporting percentage").
В построенной матрице строки - это позиции выравнивания, столбцы -
соответствующие аминокислотам буквы. Числа показывают сколько раз в том или
ином месте выравнивания встретилась та или иная аминокислота.
В графе Consensus - консенсусная последовательность, т.е.
последовательность, состоящая из наиболее часто
встречающихся аминокислот (по каждой позиции выравнивания)
- EFVIDVLQKFFSYDVERATQL .
С помощью программы profit получен файл, в котором указан процент сходства
последовательностей с эталонной из графы Consensus
файла, полученного с помощью программы prophecy.
Значения весов последовательностей
CLPS_NEIMB и CLPS_MAGMM, расчитанные по PSSM, - менее 75%
(значение по умолчанию),
поэтому в выдаче программы profit их не оказалось.
Второй семестр
Главная страница
©
Гардиева Алиса,2007