SRS

1. Сравнение форм отображения информации о белке MOEB_ECOLI в поисковых системах SRS, MRS и UniProt.

Наиболее приятной для глаз мне показалась система MRS, хотя с точки зрения информативности более выигрышно смотрятся SRS и UniProt. По структуре отображения данных очень схожи системы MRS и SRS. В разборе особенностей последовательности в SRS приведена схема вторичной структуры; в MRS в связи с ее отсутствием трудно представить взаимное расположение элементов вторичной структуры, также очень сильно мешает наличие бегунка, который затрудняет просмотр всех участков последовательности сразу. В SRS приятна возможность просмотра последовательности в разных форматах.
По расположению разделов система UniProt отличается от SRS и MRS, в ней даже можно эти разделы самому менять местами. При нажатии на поле выскакивает подсказка. Особенности последовательности разобраны подробно. Несмотря на то, что приведены схемы для каждого участка, схема вторичной структуры не так удачна, как в SRS.

2.

На "gam" в банке SwissProt начинаются названия следующих таксонов:

gambusia

gammaherpesvirinae

gammapapillomavirus

gammaproteobacteria

gammaretrovirus

gammaridea

Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - «gammaproteobacteria».

В банке SwissProt существует 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий.

3. Белки гамма-протеобактерий, выполняющие функцию, сходную с функцией белка MOEB_ECOLI.

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов

molybdopterin biosynthesis protein moeB ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (((([swissprot-Description:molybdopterin] & [swissprot-Description:biosynthesis]) & [swissprot-Description:protein]) & [swissprot-Description:moeB]) | [swissprot-Description:molybdopterin biosynthesis protein moeB])) 3

molybdopterin biosynthesis protein ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & ((([swissprot-Description:molybdopterin] & [swissprot-Description:biosynthesis]) & [swissprot-Description:protein]) | [swissprot-Description:molybdopterin biosynthesis protein]) ) 21

"molybdopterin biosynthesis protein moeB" ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:molybdopterin biosynthesis protein moeB]) 3

molybdopterin ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:molybdopterin]) 21

biosynthesis protein ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-Description:biosynthesis] & [swissprot-Description:protein]) | [swissprot-Description:biosynthesis protein])) 1719

Последовательности, которые были найдены по запросу ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:molybdopterin biosynthesis protein moeB]), сохранены в формате fasta. (proteins.fasta)

Дополнительное задание

1. Поиск статей за последние два-три года в банке MEDLINE, в аннотациях которых упоминается мой белок.

В поле "Abstract" ввел название белка (molybdopterin biosynthesis protein moeB), а в поле "Year" года 2007:2009.
Запрос:
((((([medline-Abstract:molybdopterin] & [medline-Abstract:biosynthesis]) & [medline-Abstract:protein]) & [medline-Abstract:moeB]) | [medline-Abstract:molybdopterin biosynthesis protein moeB]) & [medline-Year#2007:2009])
Найдена всего одна статья.

2.Поиск статей, опубликованных в 1970-х годах, автором которых был Нейфах А.А.

Так как точное написание фамилии автора на латинице мне неизвестно, в запросе я использовал "*":
([medline-Authors:N*fa*h,A.A*] & [medline-Year#1970:1979])
Найдено 27 статей.

Нейфах А.А. занимался исследованиями в области генетики, эмбриологии, цитологии. Многие его работы посвящены синтезу РНК во время митоза и ее перемещениям в клетке.