Введение в PyMOL

  1. Работа в PyMOL с записью 1KMY банка PDB. Определите, какой ион присутствует в структуре. Сохраните изображение окрестности иона, включая изображение остатков и лигандов, связанных с ионом координационными связями, и приложите его к отчёту.
    1. Необходимо определить ион, присутствующий в структуре. Для этого в PyMOL ввожу команду:

      hide all
      show spheres, not symbol c+s+h+o+n

      В графическом окне появляется ион железа.

      Далее получу изображение данного иона, а также остатков и лигандов, связанных с ним координационными связями.

      show lines, byres symbol Fe around 3.5
      

      Сделаю подписи к остаткам, лиганду и иону железа. Сохраню полученное изображение.

      ray
      png 1kmy_ion.png
                       
          
                  

      С ионом железа оказались связаны координационными связями три аминокислотных остатка (His-146, His-210 и Glu-260) и лиганд BPY (бифенил-2,3-диол).

  2. Работа с записями PDB.
    1. В записи 5RXN банка PDB внимательно изучим все представленные там треонины.
    2. Год расшифровки структуры: 1984.
      Разрешение: 1,2 ангстрема.

      hide all
      show sticks, resn thr

      В записи представлены три треонина: Thr-28, Thr-7 и Thr-5. Остаток треонина имеет два хиральных центра: атом CA остова и атом CB боковой цепи. Это означает, что боковая цепь имеет два оптических изомера, как и остов. Следует отметить, что если рассматривать CA атом, то все три треонина имеют L-конфигурацию. Однако если рассматривать CB атом боковой цепи, то Thr-28 и Thr-7 имеют D-конфигурацию, а Thr-5 - L-конфигурацию.


      2. В записи 1DLP изучите остатки 136 цепи A и 167 цепи С.

      Год расшифровки структуры: 1999.
      Разрешение: 3,3 ангстрема.

      hide all
      show sticks, a/136/ + c/167/                

      На изображении показаны два остатка: Asn-136 и Arg-167. Резко бросается в глаза наличие лишних связей в остатках: C-N, CB-ND2 и CB-OD1 в Asn-136 и C-N в Arg-167. Возможно, слишком близкое расположение этих атомов в звязи с неправильно определенными их координатами послужило причиной того, что PyMOL соединил данные атомы связями.

      В поле REMARK по отношению к этим атомам содержится фраза о возможной ненадежности их локализации и свойств:

      REMARK 480 ZERO OCCUPANCY ATOM
      REMARK 480 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE ATOMS MODELED WITH ZERO
      REMARK 480 OCCUPANCY. THE LOCATION AND PROPERTIES OF THESE ATOMS
      REMARK 480 MAY NOT BE RELIABLE. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME;
      REMARK 480 C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE):
      REMARK 480 M RES C SSEQI ATOMS
      REMARK 480 ASN A 136 CG OD1 ND2
      REMARK 480 ARG C 167 CB CG CD NE CZ NH1 NH2

3. Скрипт для PyMOL, результатом работы которого станет изображение, иллюстрирующее отчёт по работе с записью 5RXN.

load 5rxn.pdb
hide all
show sticks, resn thr
label n. CA and amino, "%s-%s" % (resn, resi)
set label_size, 27
ray png 5rxn.png

4. Первые впечатления от PyMOL

PyMol обладает большей функциональностью, чем RasMol. Особенно порадовали возможность введения команд в графическом окне, возможность осуществлять copy-past в командной строке, высокое качество изображений, возможность работы сразу с несколькими записями.

       

©2008-2010 Михальченко Алексей