Характеристики PDB-файла; биологические единицы

1. Технические характеристики записи PDB 1JW9.

  • Разрешение - 1,7 Å.
REMARK   2 RESOLUTION.    1.70 ANGSTROMS.
  • Число рефлексов - 36267.
REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 36267
  • Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) - 98.7%.
REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 98.7
  • R-фактор - 0,175.
REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.175
  • Свободный R-фактор - 0,209; процент рефлексов, использованных для его вычисления - 4%.
REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.209 
REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 4.000
  • Кристаллографическая группа и тип симметрии - P 41 21 2. 
CRYST1   77.832   77.832  102.139  90.00  90.00  90.00 P 41 21 2     8
  • Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки): 77.832 77.832 102.139 соответственно.
CRYST1   77.832   77.832  102.139  90.00  90.00  90.00 P 41 21 2     8
  • Базисные периоды ортогональны, так как углы между ними составляют 90°.
CRYST1   77.832   77.832  102.139  90.00  90.00  90.00 P 41 21 2     8
  • Абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB), так как матрица перехода единичная.
ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000
  • По данным записи PDB биологическая единица не совпадает с ассимметрической единицей, записанной в файле. Видно, что биологическая единица состоит из 4 цепей и включает в себя 2 асимметрических единицы (состоят из 2 цепей, отличаются поворотом).
REMARK 350                                                                      
REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
REMARK 350                                                                      
REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TETRAMERIC                        
REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B, D                                  
REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT1   2  0.000000 -1.000000  0.000000       77.83200            
REMARK 350   BIOMT2   2 -1.000000  0.000000  0.000000       77.83200            
REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000 -1.000000       51.06950
  • В структуре есть атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1. Например,: 
 

ATOM   2400  N   GLY D  80      30.654  27.162  17.313  0.50 29.24           N  
ATOM   2401  CA  GLY D  80      32.090  26.897  17.322  0.50 27.07           C  
ATOM   2402  C   GLY D  80      32.373  26.655  18.826  0.50 18.86           C  
ATOM   2403  O   GLY D  80      32.550  27.305  19.556  0.50 13.10           O 
 
ATOM   2404  N   GLY D  81      32.859  25.583  19.036  0.50 28.23           N  
ATOM   2405  CA  GLY D  81      33.666  25.489  18.044  0.50 28.12           C  
ATOM   2406  C   GLY D  81      34.658  25.739  18.955  0.50 26.17           C  
ATOM   2407  O   GLY D  81      35.459  26.573  19.149  0.50 34.25           O  
ATOM   2408  OXT GLY D  81      34.667  26.522  17.984  0.50 34.77           O

Изображение GLY 80 и GLY 81 цепи D:

 

2. Вычислить относительные координаты одного из Сα-атомов своего белка.

Возьмём абсолютные координаты СА-атома метионина 9 цепи B: 

ATOM     56  CA  MET B   9      52.496  29.701  47.839  1.00 23.43           C

Используя матрицу перехода и вектор:

SCALE1      0.012848  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.012848  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.009791        0.00000
рассчитаем его относительные координаты:
52.496 * 0.012848 + 29.701 * 0,000000 + 47.839 * 0,000000 = 0,674468608
52.496 * 0,000000 + 29.701 * 0.012848 + 47.839 * 0,000000 = 0,381598448
52.496 * 0,000000 + 29.701 * 0,000000 + 47.839 * 0.009791 = 0,468391649

 

3. Асимметрическая и биологическая единицы записи 1QQB.

Скачаю с сервера PDBe файл с биологической единицей записи 1QQB, а также файл с асимметрической единицей.

Изображение асимметрической единицы:

 

Изображение биологической единицы:

Как видно из представленных изображений, асимметрическая единица включает в себя только 2 цепи: белковую A и ДНКовую M, в то время как биологическая единица состоит из 4 цепей: белковые A и C, ДНКовые M и B. То есть биологическая единица состоит из двух асимметрических.

Анализируя структуру только асимметрической единицы нельзя изучит подное взаимодействие белка с ДНК (нужно видеть двухцепочечную ДНК), также нельзя увидеть взаимодействие двух цепей белка между собой.

©2008-2010 Михальченко Алексей