Главная страница > Третий семестр > A- и В- формы ДНК  

A- и В- формы ДНК UNIX

Целью данного задания являлось изучение различных форм ДНК. Для получения pdb файлов с А-формой и В-формой ДНК была использована программа fiber:

fiber -a gatc-a.pdb   и    fiber -b gatc-b.pdb

Затем с помощью программы RasMol были получены некоторые данные о полученных А и В структурах, а также о труктуре из файла dna41.pdb. Полученные данные приведены в Таблице 1.

Таблица 1.

Характеристика
A-форма
B-форма
Файл dna41.pdb
Тип спирали
Правая
Правая
Правая
Шаг спирали (Å)
28.02
33.75
33.06
Число оснований на виток
11
10
10
Ширина большой бороздки
7,98 (измерена от 9 нуклеотида цепи А)
17.21 (измерена от 7 нуклеотида цепи А)
15.04(измерена от 17 нуклеотида цепи B)
Ширина малой бороздки
16,81 (измерена от 9 нуклеотида цепи А)
 
11.68 (измерена от 7 нуклеотида цепи А)
 
12.94(измерена от 7 нуклеотида цепи А)

Как заметно из таблицы, структура, представленная в файле dna41.pdb скорее всего является В-формой ДНК, поскольку: шаг спирали тоже составляет 10 нуклеотидов и ширина большой бороздки превышает ширину малой.

 



Для дальнейшего изучения трех структур были использованы программы find_pair и analyze. Команды:

find_pair -t gatc-a.pdb stdout | analyze
find_pair -t gatc-b.pdb stdout | analyze
find_pair -t dna41.pdb stdout | analyze

Средние значения торсионных углов приведены в Таблице 2.

Таблица 2.

 
α
β
γ
δ
ε
ζ
χ
А-форма
-51.7
174.8
41.7
79.1
-147.8
-75.1
-157.2
В-форма
-29.9
136.3
31.1
143.3
-140.8
-160.5
-98.0
dna41
-61.8
106.5
42.8
126.0
-101.6
-89.8
-111.3

Заметно, что у основные различия между А-формой и В-формой наблюдаются по углом δ, ζ и χ. По данным этой таблицы предложенная структура dna41.pdb больше похожа на В-форму ДНК. Вычисление торсионных углов для dna41.pdb здесь.

 



С помощью пограммы rotate_mol был получен вид сбоку. Затем с помощью программы pdb2img были получены стопочные модели данных структур. Для выполнения этих действий были использованы следующие команды:

pdb2img gatc-a.pdb gatc-a.ps
pdb2img gatc-b.pdb gatc-b.ps
pdb2img dna41.pdb dna41.ps
rotate_mol -b gatc-a.pdb gatc-a_r.pdb
rotate_mol -b gatc-b.pdb gatc-b_r.pdb
rotate_mol -b dna41.pdb dna41_r.pdb
pdb2img gatc-a_r.pdb gatc-a_r.ps
pdb2img gatc-b_r.pdb gatc-b_r.ps
pdb2img dna41_r.pdb dna41_r.ps

Затем полученные файлы формата PostScrit были переконвертированы в формат JPEG с помощью программ пакета Adobe и графического редактора Paint. Ниже приведены соответствующие изображения.


  Вид сверхуВид сбоку
A-форма
В-форма
dna41

© Алипер Александр Миронович