Практикум 3: рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема
1. Статья о моем белке PCRB_BACSU не лежит в открытом доступе: Статья.
2. К сожалению, BLAST против PDB выдал лишь 5 гомологов моего белка, из которых только два можно считать достоверными: 1VIZ_A (собственно мой белок) и 2F6U_A. Поэтому пришлось взять другой белок.
Мой выбор пал на белок 2RCV. Вот ссылка на статью об этом белке.
Advanced на сайте RCSB PDB -> Запрос по последовательность с помощью BLAST: Таблица xls. Или вот Таблица xls.
3. Краткое описание белка 2RCV:
a. Главный биологический результат статьи: была определена кристаллическая структура супероксид дисмутазы из Bacillus subtilis и проведено сравнение с ее гомологами из B. anthracis и человека. Как результат, было выдвинуто предположение, что найденные различия между ферментами бактерий и ферментом человека могут быть использованы в разработке лекарств, которые будут выборочно воздействовать на бактериальные ферменты.
b. Разрешение структуры: 1,8 ангстрем согласно статье и 1,6 - согласно файлу PDB и EDS.
c. Метод решения фазовой проблемы: молекулярное замещение (molecular replacement).
d. Количество измеренных структурных факторов и факторов, имеющих силу сигнала более 3.0 (число, процент): 218733 и 218119 (99,7%)
e. R-фактор и R-free фактор: 21,1% и 23%.
f. Источники: Статья, PDB файл и EDS.
g. Выравнивание последовательности белка (из Uniprot) и последовательности белка, представленного в
PDB файле, с помощью JalView:
Как видно, отличие лишь в одной аминокислоте.
© Шерстюк Александра, MSU 2009