Практикум 2: кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)
1. С помощью команды show cell, была показана ячейка, в которой белок находится в углу и даже выходит за ее пределы.
Как видно, она не ортогональна. Параметры ячейки:
CRYST1 86.460 86.460 54.141 90.00 90.00 120.00 P 32 6
Первые 3 значения - длины сторон ячейки (в ангсремах), следующие три - углы между соответствующими сторонами (в градусах), далее идут: тип центрирования, тип симметрии и самая последняя цифра - количество мономеров в ячейке.
2. С помощью команды symexp, было получено изображение 8ми соседей белка 1VIZ:
Розовым цветом обозначен изначальный белок 1VIZ.
Здесь исходный белок выделен красным.
3. Был скачан файл структурных факторов.
В нем оказалось 45552 структурных факторов. Максимальную и минимальную измеренные амплитуды рефлекса я нашла с помощью Excel: min=119,2 со стандартным отклонением 60,4
max=14986,4 со стандартным отклонением 289
Среди стандартных отклонений минимальным является 27,5, соответствующее значению амплитуды 1168,1, а максимальным является 354,1, соответствующее 806,1.
© Шерстюк Александра, MSU 2009