Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

Задание 1.
Упражнение 1
Скрипт
Упражнение 2

Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1KSX.pdb

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
      остатками 2'-дезоксирибозы 4 89 93
      остатками фосфорной кислоты 74 96 170
      остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 0 17 17
      остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 1 1

Задание 1.

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1QRT.pdb

Участок структуры
(расшифровку названий см. на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой) 		Позиции в структуре
(по результатам find_pair) 		Результаты предсказания
с помощью einverted 		Результаты предсказания
по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5' 2-7 3'
5' 66-71 3'
Всего 6 пар 		5' 1-7 3'
5' 65-71 3'
Всего 7 пар 		5' 1-7 3'
5' 65-71 3'
Всего 7 пар
D-стебель 5' 10-12 3'
5' 23-25 3'
Всего 3 пары 		  5' 10-12 3'
5' 22-24 3'
Всего 3 пары
T-стебель 5' 49-53 3'
5' 61-65 3'
Всего 5 пар 		  5' 48-52 3'
5' 60-64 3'
Всего 5 пар
Антикодоновый стебель 5' 26-33 3'
5' 37-44 3'
Всего 8 пар 		  5' 26-30 3'
5' 38-42 3'
Всего 5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов 20   20

  • Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

    • Чтобы получить требуемый файл я использовала следующую команду:
    nucplot dna_old.pdb
    Полученный в результате файл nucplot.ps:



  • Возможный распознающий контакт.

    • Возможно, распознающий контакт образовывает нуклеотид A4, т.к. он имеет водородную связь сразу с двумя аминокислотными остатками: Lys183 и Thr 184.

    © Шерстюк Александра, MSU 2009