Таблица. Измерение торсионных углов остатка Val10 в белке PCRB_BACSU, цепь А

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo



Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках - название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. HIS9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. VAL10:A.N
  3. VAL10:A.CA
  4. VAL10:A.C
Ni - Cαi -133.47  
ψ
  1. Val10:A.N
  2. VAL10:A.CA
  3. VAL10:A.C
  4. Phe11:A.N
Cαi - Ci 147.34
ω
  1. Val10:A.CA
  2. VAL10:A.C
  3. PHE11:A.N
  4. Phe11:A.CA
Ni - Ci+1 163.33

Схема расчета торсионного угла φ

Карта Рамачандрана для а.о. PCRB_Bacsu (глицин, пролин)

Карта Рамачандрана для а.о. PCRB_Bacsu (альфа-спирали, бета-листы)

Карты Рамачандрана позволяют нам определить вторичную структуру белка, узнать какие значения углов могут приниматься в альфа-спиралях и бета-листах. Благодаря первой карте, можно заметить, что значения торсионных углов глицина очень разнообразны, это объясняется структурой молекулы: у глицина боковая группа совсем небольшая, что позволяет вращаться вокруг связей. Что же касается пролина, то с ним все наоборот: значения торсионных углов его остатков лежат в ограниченном диапазоне так, что угол фи принимает только отрицательные значения. Это объясняется наличием у молекул пролина цикла, затрудняющего вращение вокруг связей.

Вторая карта позволяет нам увидеть, что значения торсионных углов в α-спиралях сближены и можно сказать, что лежат в определенном промежутке - примерно от -150 до -50. Это обусловленно тем, что остов белка в данных участках имеет укладку α-спирали. В β-листах значения торсионных углов тоже принадлежат ограниченному дапазону - примерно от -170 до -60. Это обусловлено характером укладки β-листа. Разброс значений торсионных углов больше, чем в α-спиралях.

© Шерстюк Александра, MSU 2009