msbar coae_gen.fasta mutant1 -point 4 -count 62 -auto msbar mutant1 mutant2 -point 4 -count 62 -auto msbar mutant2 mutant3 -point 4 -count 186 -auto msbar mutant3 mutant4 -point 4 -count 155 -auto msbar mutant4 mutant5 -point 4 -count 310 -auto msbar mutant5 mutant6 -point 4 -count 310 -auto cat coae_gen.fasta >> total.fasta cat mutant1 >> total.fasta cat mutant2 >> total.fasta cat mutant3 >> total.fasta cat mutant4 >> total.fasta cat mutant5 >> total.fasta cat mutant6 >> total.fasta
distmat -sequence total.fasta -outfile uncor_out -nucmethod 0 - для получения матрицы попарных различий,
distmat -sequence total.fasta -outfile dj_kant_out -nucmethod 1 - для получения матрицы попарных расстояний, вычисленных по формуле Джукса-Кантора.
Результаты представлены в файле Dist.xls.
По значениям рассчитанных эволюционных расстояний был построен график зависимости 2-х оценок расстояния от величины "истинного" расстояния:
T - график "истинных" значений, D - график для попарных различий, JC - график эволюционных расстояний, вычисленных по формуле Джукса-Кантора.
Из общего графика видно, что эволюционные расстояния, вычисленные по формуле Джукса-Кантора, не сильно отличаются от "истинных" расстояний на всем протяжении графика и идут рядом с ними в среднем без сильных скачков и отклонений - в пределах допустимого отклонения, равного 30-ти. График же несовпадений, наоборот, отклоняется от графика "истинных" расстояний по нарастающей. Причем отличие становится значительным уже при "истинном" расстоянии равном 70.
Таким образом, можно утверждать, что оценка по формуле Джукса-Кантора точнее в общем и ближе соответствует "истинным" эволюционным расстояниям. Что закономерно, принимая во внимание, что оценка попарных различий не учитывает таких явлений, как повторная мутация и "восстановление" из мутировавшей в исходную (частота данных явлений возрастает с числом эволюционных событий, что хорошо видно из графика, где они оказывают снижающее влияние на соответствующий график). То же, что оценка по Джуксу-Кантору содержит отклонения от "истинных" значений, является следствием неучитываемой замены основания на идентичное.