blocks

На главную страницу второго семестра

Матрицы аминокислотных замен и их весов

1)Для расчета среднего веса замен я выбрал группы NDEQ и MILV. Полученные результаты предоставлены в таблице ниже. Все расчеты и использовавшиеся данные сохранены в файле blosum62.xls
Средний вес замен между аминокислотами внутри первой группы 2
Средний вес замен между аминокислотами внутри второй группы 2,3125
Средний вес замен между аминокислотами внутри обеих групп -0,20313
Мы можем заметить, что веса пар, образованных за счет одинаковых аминокислот, имеют самые большие значения. Также средние веса замен внутри групп по отдельности намного больше, чем средний вес между групп (который даже отрицателен), что указывает на сильную разнородность аминокислот из взятых групп. Аминокислоты же из одних групп имеют среднюю степень "родства".
2)Во втором задании требовалось самостоятельно рассчитать веса некоторых аминокислотных пар. Мною были выбраны RR, RQ (более-менее "родственные" аминокислоты) и RF (в большей степени разные). Полученные результаты приведены в нижеследующей таблице:
Аминокислотная пара Полученные данные Данные по blosum62
RR 4.1 5
RQ 0,9 1
RF 0 -3
Все расчеты, исходные данные и результаты содержатся в файле blocks-paires.xls
Наибольшие отличия получены при сравнении веса пары RF, что может быть объяснено сильным их различием (и, как следствие, высокой степенью случайности их совпадения в паре). Аминокислоты же R и Q наного более похожи, аминокислотный вес их пары наиболее приближен к blosum62. Отличие веса пар RR (и также пары RF) от данных по blosum62 может быть объяснено неполнотой анализируемых данных.


©Куликовский, Алексей