Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

Для создания 100 бутстреп-реплик выравнивания была использована программа fseqboot.

Команда:

fseqboot VSE.txt –auto

На выходе получили файл с расширением .fseqboot
Полученные 100 выравниваний подали на вход программе fdnaml.
Команда:

fdnaml vse.fseqboot -ttratio 1 –auto

Была запущена программа fconsense. Ей на вход были поданы 100 скобочных формул из файла vse.treefile, полученному ранее.

Из полученного файла:

Консенсусное дерево:

Бутстреп-значения внутренних ветвей полученного консенсусного дерева равно 100, 75, 100. Исходя из этих значений дерево можно считать достоверным.

Полученная топология:
CDEFAB

Совпадает с топологией реального дерева(листья меняются местами по сравнению с реальным).

2. Создание изображения дерева программой fdrawtree

Создали файл со скобочной структурой дерева
(((А:10,B:10):30,((C:20,D:20):5,E:30):10):60,F:100);

C помощью программы fdrawtree и этого файла поданного ей на вход мы получили филогенетическое древо:

Получили в силу особенностей программы неукоренненое дерево.