Исследование белок-нуклеиновых контактов.

Был получен файл со структурой 1BDT с заданного сайта.

Обнаружилось, что в pdb структуре нуклеотиды обозначены не 1 а 2мя буквами(DA,DT, DG, DC). Расмол не может выделить эту запись как обозначение ДНК. Соответсвенно был редактирован pdb-файл.

Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты

Множество атомов ДНК было определено:

define dna1 (da,dt,dc,dg)

Таблица. Контакты разного типа в комплексе Arc (Arc-like DNA binding domain)

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	2	25	27
... остатками фосфорной кислоты	35	-	35
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	16	16	32
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

На расстоянии 3.5 от остатков фосфорной кислоты было обнаружено 35 атомов азота и кислорода, которые возможно образуют полярные связи.
Основания со стороны дорожек образуют меньшее количество связей. Малая бороздка не образует связи, так как труднее для доступа белку. Дезоксирибоза играет важную роль, образуя множество гидрофобных связей
Для поиска поляных связей сразу были исключены атомы углерода. Считаем, что углерод образует только неполярные связи Для выделения атомов были использованы команды вида:
scripto.txt

Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК.

Если все же искать остаток, ответственный за специфичность, следует взять тот, что взаимодействует с одной из борозок, а не с остовом: Lys532A - 5IU10C
Основные контакты происходят с остовом ДНК, поэтому если искать остаток, отвечающий за специфичность, то нужно взять тот, который взаимодействует с одной из бороздок.
ARG13C.NH-DT15E.04

Описание функций исследованного белка

Дуговой репрессор работает благодаря связыванию 2-х димеров с операторным сайтом из 21 пары.

Каждый димер использует антипаралелльные бета-тяжи для распознавания оснований в большой бороздке.
Выбрнный аминокислотный остаток исходя из выравнивания Pfam консервативным не является.

Построение схемы контактов белка с ДНК

С помощью программы nucplot, были найдены следующие контакты:

Найдено несколько полярных связей оснований, что отличается от результата анализа трехмерной структуры. Найдено 8 водородных связей с ДНК. Найдено 15 гидрофобных связей c остатками фосфорной кислоты (на 1 больше, чем найдено с помощью rasmol).