A- и B-формы ДНК
|
|
A-форма |
B-форма |
Файл dna38.pdb |
|
Тип спирали (правая или левая) |
правая |
правая |
правая |
|
Шаг спирали (?) |
28.02 |
33.748 |
26.67 |
|
Число оснований на виток |
11 |
10 |
11 |
|
Ширина большой бороздки |
7.98(A22B.P-G5A.P) |
17.22 (G24B.P-A6A.P) |
8.615(A5A.P-G14B.P) |
|
Ширина малой бороздки |
16.80(G21B.P-A14A.P) |
11.69 (A10A-T27B.P) |
16.93(G14B.P-G12A.P) |
По таким параметрам, как ширина бороздок и шаг спирали, ДНК из файла dna38.pdb больше похожа на A-форму. Также об этом можно судить визуально. Однако есть небольшие отклонения.
Сравнения значений конформационно важных торсионных углов.
Значения торсионных углов для a-формы ДНК.
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
2 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
7 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 C -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.0 -157.2
9 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
13 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
16 C -51.7 174.8 41.7 79.1 --- --- -157.2
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -51.7 174.8 41.7 79.0 --- --- -157.2
2 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
7 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
9 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
13 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
16 G --- 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
Значения торсионных углов для В-формы ДНК.
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
2 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
4 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
5 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
9 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
10 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
13 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
14 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
15 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
16 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0
2 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
4 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
5 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
9 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
10 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
13 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
14 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
15 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
16 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
Очевидно, что в идеале значения торсионных углов в сахарофосфатном остове ДНК должны быть стабильными.
Торсионные углы фрагмента ДНК из файла dna38.pdb.
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C --- --- 30.1 82.9 -172.3 -62.3 -162.4
2 G -61.7 -170.9 45.3 82.7 -167.7 -57.5 -156.5
3 C -94.9 -169.0 75.9 76.4 -116.1 -106.2 -162.3
4 G -59.7 135.1 64.5 68.8 -155.3 -72.5 -165.4
5 A -73.6 176.8 75.8 71.4 -135.9 -89.8 -172.6
6 A -43.1 157.2 45.0 78.9 -139.1 -83.4 -151.0
7 U -71.2 158.0 71.5 82.9 -134.7 -94.8 -169.3
8 U -28.5 163.2 30.5 73.5 -137.7 -76.1 -154.9
9 A -91.2 157.3 73.3 72.1 -149.4 -72.1 -165.5
10 G -70.6 168.7 70.5 81.4 -142.3 -84.2 -167.8
11 C -52.0 164.7 46.8 79.6 -154.2 -78.3 -156.0
12 G -49.2 171.6 39.7 76.7 --- --- -156.9
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G -45.2 164.3 45.6 75.8 --- --- -158.9
2 C -91.7 175.5 77.5 80.4 -141.9 -81.1 -166.0
3 G -48.6 167.8 44.9 77.1 -160.7 -64.7 -157.2
4 A -39.6 146.9 41.0 66.0 -156.2 -68.2 -160.6
5 U -46.9 179.0 27.1 95.5 -135.9 -94.1 -158.8
6 U -99.8 -172.8 83.6 62.7 -136.8 -73.8 -158.0
7 A -12.2 153.7 15.9 83.4 -169.3 -54.8 -145.6
8 A -53.9 171.0 53.8 81.9 -135.4 -97.7 -171.5
9 G -106.4 171.4 74.9 81.5 -155.6 -75.9 -166.2
10 C -8.7 -178.2 -1.7 91.0 -154.2 -79.6 -149.8
11 G -44.8 155.0 52.5 69.8 -128.6 -87.5 -163.2
12 C --- --- 170.3 91.4 -113.6 -102.5 -179.7
