На главную

На главную страницу четвертого семестра

Функции, классификация.

Значение кода фермента EC 2.1.1.13.
  • EC 2 - трансферазы
  • EC 2.1 - трансферазы с одной карбоновой группой
  • ЕС 2.1.1 - метилтрансферазы
  • ЕС 2.1.1.13 - метионин-синтаза
    Дополнительная информация о IUPAC

     Был создан в 1919 году.

    Международная комиссия по номенклатуре ферментов - в 1956 году.

    Последние изменения и уточнения - в 2006 году.

    Характеристики фермента EC 2.1.1.13

    Информация получена с использованием ресурса Brenda

    Общее число ферментов с таким кодом 128.

    Ингибиторы и активаторы.

    У ферментов этого класса не найдено ингибиторов. Активиторов 12.

  • Кадаверин;
  • Цианокобаламин;
  • К+;
  • Na+;
  • Li+;
  • NH4+;
  • Путресцин;
  • S-аденозилметионин;
  • Спермидин;
  • Спермин;
  • TrisHCl;
  • Витамин В12.
    		•
    Витамин В12:

    Причем некоторые из них индивидуальны для отдельных организмов (например Cadaverine (в организме Rattus norvegicus) или ионы Na, Li, K и NH4-группа у E.coli), некоторые же могут работать в нескольких организмах(цианокобаламин, витамин B12).

    Оптимум pH: 7 для Phaseolus vulgaris, 5 для Sus scrofa.

    Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

    Было найдено три белка из организмов Escherichia coli K-12 (1 белок) и Homo sapiens (2 белка). В организме Methanococcus jannaschii заданный фермент не обнаружен.

    Был составлен запрос в SwissProt: "((([uniprot-ID:*_Ecoli*] | [uniprot-ID:*_Human*]) | [uniprot-ID:*_Metja*]) & [uniprot-ECNumber:2.1.1.13*])"

    По данным PFam, выяснены границы доменов.

    ОрганизмIDACНачало доменаКонец домена
    Homo sapiensMETH_HUMANQ99707
    30
    340
    Escherichia coliMETH_ECOLIP13009
    15
    326
    Homo sapiensAS3MT_HUMANQ9HBK9
    75
    183

    С помощью программ seqret и extractseq пакета EMBOSS были получены аминокислотные последовательности этих доменов. По алгоритму Смита-Ватермана получены попарные выравнивания и определена попарная идентичность.

    ПараПроцент идентичности
    AS3MT_HUMAN - METH_HUMAN
    22.8%
    AS3MT_HUMAN - METH_ECOLI
    23.6%
    METH_HUMAN - METH_ECOLI
    55.6%

    Скрипт 1 (построение выравнивания):

    water as3mt_human.fasta meth_human.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout | grep "# Identity:" > result.water
    water as3mt_human.fasta meth_ecoli.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout | grep "# Identity:" >> result.water
    water meth_human.fasta meth_ecoli.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout | grep "# Identity:" >> result.water

    Скрипт 2 (сохранение в формате msf):

    water as3mt_human.fasta meth_human.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout -aformat msf 1-2.msf
    water as3mt_human.fasta meth_ecoli.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout -aformat msf 1-3.msf
    water meth_human.fasta meth_ecoli.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5 stdout -aformat msf 2-3.msf

    © Байрамукова Диана,2006