На главную страницу второго семестра

На главную

Матрицы переходов.

Глобальное выравнивание.

  • Матрица переходов строилась для последовательностей MTGK (первые 4 аминокислотных остатков белка RRMJ_ECOLI) и MAGVL (полученной из первой двумя произвольными заменами и вставкой одного аминокислоты);
  • Выравнивание производилось при помощи параметров:

    • цена совпадения аминокислот: 2;
    • цена замены: -1;
    • цена делеции: -2;

  • Вес оптимального пути равен 0. Это означает, что вероятность биологической осмысленности полученного выравнивания равна вероятности его случайного получения.
  • Оптимальное выравнивание: 
       MTGK-
   | |   
   MAGVL

Локальное выравнивание.

  • Матрица переходов строилась для последовательностей MTGKKRSAS (первые 9 аминокислотных остатков белка RRMJ_ECOLI) и TGSAS (2,3,7,8,9 аминокислотных остатка белка RRMJ_Ecoli);
  • Выравнивание производилось при помощи параметров:

    • цена совпадения аминокислот: 2;
    • цена замены: -1;
    • цена делеции: -2;

  • Вес оптимального пути 6(выделено синим цветом);
  • Вес субоптимального пути 4(выделено красным цветом);
Оптимальное выравнивание: 
 MTGKKRSAS
       |||
       SAS
Субоптимальное выравнивание: 
 MTGKKRSAS 
  || 
  TG

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Данные выравнивания построены для белка RRMJ_ECOLI и последовательности, "склеенной" из двух произвольно взятых "кусков" этого же белка. При помощи определенных параметров и программы NEEDLE получили следующие выравнивания:

Использовавшиеся параметры:

Матрица аминокислотных замен EBLOSUM62

Штраф за открытие делеции: 1.0

Штраф за продолжение делеции: 1.0

Использовавшиеся параметры:

Матрица аминокислотных замен EBLOSUM62

Штраф за открытие делеции: 10.0

Штраф за продолжение делеции: 1.0

© Байрамукова Диана, 2005