Сравнение PDB-файла и биологической единицы
| 1nlw_mmol.pdb | 1nlw.pdb |
 |
 |
Можно легко заметить, что вторая структура очень похожа на удвоенную и сложенную "валетом" первую структуру. Далее работа идёт с первой структурой.
Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты
Здесь находится скрипт для выпонения этого задания.
| Полярные | Гидрофобные | Всего | |
| Контакты белка с ... | |||
| ... остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 14 | 15 |
| ... остатками фосфорной кислоты | 15 | 11 | 26 |
| ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 6 | 21 | 27 |
| ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Наибольшее количество контактов между белком и остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки. Всего гидрофобных контактов гораздо больше, чем полярных. Исследуемый белок взаимодействует с большой бороздкой ДНК и вообще не контактирует с остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки.
Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК
Можно предположить, что учатками белка, ответственными за спецефичность узнавания белком ДНК, явлюятся например THR 38 из цепи А и SER238 из цепи В. Наиболее интересным из них я считаю первый, потому что он находится на более близком расстоянии от молекул ДНК.
Серым выделен белок. Жёлтым - ДНК.
Описание функций исследованного белка
Основные helix-loop-helix белки (bHLH) - группа эукареотических факторов транскрипции, которые влияют на разнообразные пути развития. Эти факторы транскрипции характеризуются эволюционно сохраненной областью домена bHLH, который катализирует димеризацию. Они облегчают процесс димеризации мономеров в соответствующих стадиях развития.
Выделено 7 классов белков BHLH. Белки класса I формируют димеры в пределах своей группы или с белками класса II. Класс II может сформировать гетеродимеры только с белками из I класса. Белки класса III характеризуются присутствием лейциновой "молнии", смежной с bHLH областью. Факторы класса IV могут сформировать гомодимеры или тетродимеры с белками класса III. Класс V и белки класса VI действуют как регуляторы класса I, а факторы класса II и белки класса VII имеют домен PAS.
Остаток, кторый я выбрала в предыдущем упражнении оказался не консервативным.
Построение схемы контактов белка с ДНК
Число контактов на рисунке значительно меньше, чем в таблице из 1 задания. Это можно объяснить тем, что программа nucplot предъявляет более жесткие требования, чем расстояние в 3.5/4.5 ангстрем между одновременно полярными/неполярными атомами.