Полученный файл
Был получен файл 1f7u.pdb, в котором описана структура единственной TRNA(ARG) из организма SACCHAROMYCES CEREVISAE, идентификатор цепи тРНК - В.
Ещё в этом файле есть белок ARGINYL-TRNA SYNTHETASE, идентификатором цепи которого является А.
Последовательность тРНК
PSU U C C U C G U 1MG 2MG C C C A A DHU G G DHU C A C G G C M2G PSU C U G G C U I C G A A C C A G A A G A DHU U 5MC C A G G 5MU PSU C A 1MA G U C C U G G C G G G G A A G C C A
Модифицированные основания и их названия:
PSU B 901 21 1MG B 909 24 2MG B 910 24 DHU B 916 20 DHU B 919 20 M2G B 926 25 PSU B 927 20 DHU B 947 20 5MC B 949 21 5MU B 954 21 PSU B 955 20 1MA B 958 23 PSU PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 1MG 1N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE 2MG 2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DHU 5,6-DIHYDROURIDINE-5'-PHOSPHATE M2G N2-DIMETHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE 5MC 5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 5MU 5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE 1MA 6-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
Цепь РНК в PDB-записи пронумирована с 901 по 976 нуклеотид.
Пропусков в нумерации и/или вставок ("insertion codes") нет.
Анализ структуры программой find_pair
В структуре найдено 2 спирали.
Координаты красной: 901-907, 917, 949-955, 958-972.
Координаты синей: 908, 910-915, 922-931, 939-944, 948.
PSU U C C U C G U 1MG 2MG C C C A A DHU G G DHU C A C G G C M2G PSU C U G G C U I C G A A C C A G A A G A DHU U 5MC C A G G 5MU PSU C A 1MA G U C C U G G C G G G G A A G C C A
Структура
background white
restrict rna
wireframe off
backbone 200
select all
color black
define helix1 901-907:B,917:B,949-955:B,958-972:B
define helix2 908:B,910-915:B,922-931:B,939-944:B,948:B
select helix1
color red
select helix2
color blue
select A976.P
label 976
select PSU901.P
label 901
Анализ структуры с помощью RasMol
- Cтекинг-взаимодействия между основаниями
A 921 - A 946 - G 945 - 1MG 909 
C 975 - A 976 - Примеры водородных связей между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому
спариванию комплементарных оснований
901 - 972 905 - 968 954 - 958 955 - 917 943 - 927 944 - 926 913 - 922 914 - 908 915 - 948
-
Видна "дырка", следовательно спирали РНК похожи на А-форму ДНК
Анализ структуры с помощью программы einverted
Параметр "Minimum score threshold" я задала равный 1. Данная программа ищет потенциальные двуспиральные участки внутри молекулы. Был найден только 1 участок.
1f7u: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
49 ccagg 53
|||||
65 ggtcc 61
Но прирассмотрении этого участка с помощью программы RasMol стало видно, что участок больше похож на
шпильку, чем на двуспиральный участок.
Анализ структуры с помощью программы mfold
Хороший результат поиска двойных спиралей, то есть предсказание структуры в виде клеверного листа дала программа mfold. Вначале я попыталась самостоятельно изобразить структуру, используя результаты программы find_pair. Потом сравнилa с результатами mfold:
mfold SEQ=1fcw2.fasta P=10
Первая по счёту попытка оказалась наиболее близкой к тому, что изобразила я.