Работа с программой BLAST

После проведения поиска программой BLASTP в банке swissprot были получены следующие результаты:

• Порядковый номер белка DSBA_ECOLI в выдаче - первый
• Score - 418
• E-value - 6e-117

После проведения поиска программой BLASTP в банке pdb были получены следующие результаты первой находки в списке:

• PDB-коды и идентификаторы цепей - 1A2J(-), 1A24(-), 1A23(-), 1FVK(B), 1FVK(A), 1A2M(B), 1A2M(A), 1A2L(B), 1A2L(A), 1DSB(B), 1DSB(A)
• Начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) - 20 - 208
• Начало и конец выравнивания в находке (Subject) - 1 - 189
• E-value - 1e-107
• Score - 383
• Процент совпадений (Identity) - 100%

После проведения поиска программой BLASTP в банке swissprot по гомологу DSBA_YERPE были получены следующие результаты:

• Порядковый номер белка DSBA_ECOLI в выдаче - восьмой
• Score - 303
• E-value - 3e-82

Первая по счету находка является тем самым белком, чья последовательность была подана на вход.

После проведения поиска программой BLASTP в банке swissprot по искусственной последовательности, составленной из двух кусочков последовательности DSBA_ECOLI, были получены следующие результаты:

Программа не выдала результата. No significant similarity found - это то, что было в сообщении. Скорее всего причиной этого является то, что кусочки были вырезаны из разных концов последовательности, что ввело в заблуждение программу, т.к. она не восприняла выравнивание с таким большим количеством гэпов.

После повторного проведения выравнивания с другой искусственной последовательностью (с более близкими кусочками) были получены следующие результаты:

• Порядковый номер белка DSBA_ECOLI в выдаче - первый
• Score - 45.4
• E-value - 6e-04

При работе с программой BLASTP на сервере EBI, потребовалось ждать довольо долго, что осложнило выполнение задания на поиск белка по гомологу.

HO! Получились разные результаты. Мой белок в списке не восьмой, а десятый, Score - 776, E-value - 2e-74. Разница довольно значительная, что меня очень удивило, потому что поиск проводился по одному банку swissprot.

Accession number искомой последовательности P36944 (наден с помощью поисковой системы SRS по названию организма и gen_name). При поиске в Swiss-Prot программа BLASTP выдала следующий результат:

                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                        (Bits)  Value

gi|2851638|sp|P36944|RBSR_BACSU  Ribose operon repressor >gi|2...   610    2e-174
gi|20139764|sp|Q9K6K2|RBSR_BACHD  Ribose operon repressor           254    3e-67 
gi|20139702|sp|Q9CF41|RBSR_LACLA  Ribose operon repressor           241    2e-63 
gi|1173387|sp|P43472|SCRR_PEDPE  Sucrose operon repressor (Scr op   151    3e-36 
gi|115950|sp|P25144|CCPA_BACSU  Catabolite control protein A (...   148    3e-35 
gi|3024530|sp|Q45831|REGA_CLOSA  HTH-type transcriptional regulat   147    6e-35 
gi|37999777|sp|Q9CPA2|RBSR_PASMU  Ribose operon repressor           142    1e-33 
gi|3023459|sp|Q56194|CCPA_STAXY  Probable catabolite control prot   135    2e-31 
gi|26007033|sp|Q54430|SCRR_STRMU  Sucrose operon repressor (Scr o   135    2e-31 
gi|18202290|sp|P58258|REGA_CLOAB  HTH-type transcriptional regula   133    7e-31 
gi|1168844|sp|P46828|CCPA_BACME  Glucose-resistance amylase re...   132    1e-30 
gi|585043|sp|P37947|DEGA_BACSU  HTH-type transcriptional regulato   131    2e-30 
gi|82581649|sp|P0ACP0|CYTR_SHIFL  HTH-type transcriptional rep...   130    4e-30 
gi|38604814|sp|Q8CNV8|CCPA_STAES  Probable catabolite control ...   130    4e-30 
gi|1172870|sp|P44329|RBSR_HAEIN  Ribose operon repressor            130    6e-30 
gi|82582997|sp|P0ACQ3|RBSR_SHIFL  Ribose operon repressor >gi|...   127    5e-29 
gi|82582278|sp|P0ACP9|PURR_SHIFL  HTH-type transcriptional rep...   125    1e-28 
gi|7388031|sp|O68446|PURR_SALTY  HTH-type transcriptional repr...   125    2e-28 
gi|119334|sp|P27871|ENDR_PAEPO  Probable HTH-type transcriptional   125    2e-28 
gi|38604906|sp|Q8NW33|CCPA_STAAW  Probable catabolite control ...   124    4e-28