Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

  1. Поиск нужного термина в словарях GO
  2. Дано место локализации белка- митохондриальная мембрана.
    Поиск наиболее подходящего термина GO:
     

  3. Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

  4. Исходный белок - RN5A_HUMAN (Q05823). Описание функций заданного белка:

    Катализирует фосфорилирование аминокислотных остатков белка в реакиции: белок + ATФ = фосфорилированный белок + AДФ.
      Онтология GO (название словаря) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где? cellular component 1 В митохондриях
    Зачем, для чего? biological process,mRNA maturation 2 Любой процесс, вовлеченный в преобразование первичного транскрипта мРНК в одну или несколько зрелых молекул мРНК, готовых к трансляции. Внесение фосфатной группы в белок..
    Молекулярный механизм? Molecular function. Molecular functionprotamine kinase activity (протаминкиназная активность). 5 Катализирует гидролиз эфирных связей между рибонуклеиновыми кислотами посредством внесения внутренних разрывов в область 5'-фосфомоноэфиров.
    Специфичность? molecular function;zinc binding 3 Специфически взаимодействует с АТФ, избирательно взаимодествует с РНК(portion thereof), избирательно взаимодействует с ионами цинка.

    Задание №3.

    Задача:оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы.

    Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 04.04.2009 г.

      Количество записей Запрос
    Всего из данного организма 7876 Organism name - Arabidopsis thaliana
    С идентификаторами всех трёх онтологий GO 4528 Organism name - Arabidopsis thaliana ,Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:
    В том числе (укажите Вашу группу) 14 Organism name - Arabidopsis thaliana ,Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:, Links:DBxref - GO:0031966
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) 3 Organism name - Arabidopsis thaliana,Links:DBxref - Go:&P:&F:&C:&Go:&EXP:|Go:&IDA:|Go:&TAS:, Links:DBxref - GO:0031966
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) 3 Organism name - Arabidopsis thaliana,Links:DBxref -Go:&EXP:|Go:&IDA:|Go:&TAS: , Links:DBxref - GO:0031966

Таким образом, можно сделать вывод,что белки заданной группы аннотировано достаточно хорошо,так как из 14 известных белков в митохондриальной мембране данного организма 3 имеют самое хорошее доказательство функций.

Главная страница

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

©Александра Литвинчук,2009