seqret sw:*_Ecoli(программа записала в файл ecoli.fasta все белки,имеющих ID, заканчивающееся на Ecoli); -создание индексных файлов для последующего поиска программами пакета Blast:
formatdb -i ecoli.fasta -p T -n ecoli
Программа getorf с опциями
getorf -minsize 240 -table 11 -find 1 -sequence aald01000001.fasta
(стандартный для бактерий генетический код - опция -table 11,открытая рамка считывания-принята последовательность между старт- и стоп-кодонами- опция -find 1)
позволяет получить файл , в котором содержатся все аминокислотные последовательности, полученные трансляцией всех открытых рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов.
При помощи команды
blastall -p blastp -d ecoli -i aald01000001.orf -e 0.001 -m 8 -o out1.txt
был получен файл с определением последовательностей из Е.coli, cходных с исходными 13 аминокислотными последовательностями из бактерии Yersinia mollaretii.
(Программа blastp пакета BLAST(в данном задании с параметром E-value<0,001) позволяет искать гомологов белковой последовательности по банку белковых последовательностей.)
Скрипт,для получения информации о числе сходных последовательностей.
После запуска скрипта был получен соответствующий файл output2.txt.
При помощи данного файла была получена таблица.
Таблица,содержащая данные только по тем открытым рамкам считывания,для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность.
| Рамка | Название | Начало | Конец | Направление | Число найденных сходных последовательностей | Идентификтор самой близкой находки из Ecoli | E-value |
| 3 | AALD01000001_3 | 1660 | 3012 | Прямое | 3 | IDH_ECOLI | 0.0 |
| 6 | AALD01000001_6 | 5087 | 5797 | Прямое | 1 | YNFC_ECOLI | 1е-28 |
| 7 | AALD01000001_7 | 6733 | 5876 | Обратное | 5 | YBJI_ECOLI | 5е-84 |
| 10 | AALD01000001_10 | 1643 | 1008 | Обратное | 4 | RLUE_ECOLI | 5е-88 |
| 11 | AALD01000001_11 | 1012 | 569 | Обратное | 3 | NUDJ_ECOLI | 1е-69 |
| 13 | AALD01000001_13 | 447 | 1 | Обратное | 1 | TRMU_ECOLI(MNMA_ECOLI-cоответствующий ген-"mnma") | 5е-86 |
Схематическое положение на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в E. coli.
Для данных шести открытых рамок считывания нашлись сходные последовательности в E.coli.
Для найденных последовательностей 2 открытые рамки располагаются в прямом направлении,а 4 в обратном.
Кроме того, 10 и 11 рамки,считывающиеся в обратном направлении,имеют общие нуклеотиды, то есть перекрываются между собой.
Гипотетические гены во фрагменте 1-7000 записи AALD01000001
5'---------------------------------------------[=>icd,1660-3012]-------------[=>ynfC,5087-5797]------------------------3' 3'-------------------------[<=rluE,1008-1643]----------------------------------------------------[<=ybjI,5876-6733]----5' 3'[<=trmU,1-447]--[<=nudJ,569-1012]------------------------------------------------------------------------------------5'
Сравнение взаимного расположения предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных им генов в геноме кишечной палочки.
Посмотрим, как расположены гены E.coli, гомологичные нашим:| Ген | Начало 5' | Конец 3' |
| icd | 119 4346 | 119 5596 |
| ynfC | 165 5481 | 165 4771 |
| ybjI | 88 5354 | 88 4539 |
| rluE | 119 4174 | 119 3521 |
| nudJ | 119 3511 | 119 3050 |
| trmU | 119 2996 | 119 1890 |
Гены во фрагменте 885354 - 1655481 генома E.coli
5'------------------------------------------------------------------------------------------------------[=>icd,1194346-1195596]---------------------------3' 3`-[<=ybjI,884539-885354]-----<=trmU,1191819-1192996]-[<=nudJ,1193050-1193511]-[<=rluE,1193521-1194174]---------------------------[<=ynfC,1654771-165481]-5`
Другое изображение расположения генов (при помощи EcoGene).
Примечание:на картинке изображены только 4 гена,находящиеся в области 1190.0-1196.0 kb, участок генома дан в направлении 5`-> 3`.Ген "mnma" есть ген "trmU".
Порядок расположения генов в E.Coli относительно предполагаемого фрагмента сохраняется частично (гены "trmU","nudJ","rluE" расположены друг за другом и cчитываются в одинаковом направлении, кроме того ген "icd" расположен на другой цепи и считывается в противоположном направлении,как и в рассматриваемом фрагменте). Однако гены "ybjI","ynfC" поменяли свое расположение и направление считывания (ген "ynfC").
Таким образом, можно сделать предположение о достаточной консервативности расположения генов "trmU","nudJ","rluE", но не генов "ybjI","ynfC".
Кроме того,в отличие от Yersinia mollaretii, в Е.Coli не происходит перекрывание данных генов,то есть рамки считывания не накладываются друг на друга.
Это можно объяснить тем,что геном Yersinia mollaretii короче генома E.Coli, потому упаковка белков в Yersinia mollaretii идет более плотно, то есть чаще наблюдается перекрывание генов.